Однако в это время советским спецслужбам пришлось столкнуться с целым рядом проблем. Наиболее серьезной из них стала резко усилившееся противодействие со стороны контрразведки США, Великобритании и других стран. Второй по значимости стала проблема безопасности коммуникаций, надежности используемых шифров и кодов. Третья была тесно связана со второй. Это была проблема перебежчиков – бывших офицеров и агентов Первого управления НКВД и ГРУ, по различным причинам порвавших со своими службами и предоставивших обширную информацию о направлениях деятельности советских разведок, их агентурных позициях в различных странах, особенностях их сотрудничества с местными коммунистическими партиями. Четвертой проблемой стала серия послевоенных реорганизаций советских спецслужб в 1947–1952 гг. Наконец, последней стала реорганизация правительственных структур США, которая заключалась в ликвидации ряда агентств военного времени. Так, ликвидированы были Управление стратегических служб, Управление военного производства, Управление военной информацией. Значительно были сокращены штаты важнейших ведомств: Государственного департамента, военного и морского министерств, министерство финансов. В результате множество американцев, снабжавших Первое управление, ГРУ и РУ ВМФ ценнейшей информацией, либо потеряли работу, либо были переведены на новые второстепенные должности. Не менее негативно сказались на численности офицеров-оперативников всех ветвей советской разведки и их агентурного аппарата ликвидация Советской закупочной комиссии, а также сокращение штатов других советских учреждений, работавших в США.

Активизация деятельности советских спецслужб и новые тенденции во внешней политике СССР на протяжение первых послевоенных лет были с тревогой отмечены в специальном докладе советника президента США Кларком М. Клиффордом, представленном президенту Гарри Трумэну в сентябре 1946 г. Масштабы деятельности советских разведок в США, Западной Германии и Австрии заставили администрацию Трумэна предпринять ряд срочных мер: главное контрразведывательное агентство США – ФБР резко усилило штаты своих подразделений в Вашингтоне и Нью-Йорке – основных центрах работы Первого управления, ГРУ и РУ ВМФ. В дополнение к существующей школе разведки и полиции в форте Райли Канзас была создана еще одна – в Баварии, в местечке Обераммергау. Была предпринята тотальная чистка армии и службы контрразведки и разведки от проникших туда членов компартии. В британской М16 создается специальный отдел IХ, задачей которого стало изучение документов, относящихся к деятельности компартии Великобритании и советских учреждений в Англии накануне и в годы войны.

Обеспокоенность правительства США, Великобритании и Канады в связи с деятельностью советских разведок усилилась в начале 1946 г. в связи с появлением первой волны перебежчиков. Так, Элизабет Бентли была связной между несколькими группами агентов, служивших в различных федеральных учреждениях, руководством компартии США и резидентурой Первого управления НКВД в Нью-Йорке, например, между шифровальщиком резидентуры ГРУ в Оттаве И. Гузенко и бывшим подпольным функционером аппарата компартии США Уиттэкера Чемберза, который был агентом ГРУ. Бентли назвала ФБР имена 48 известных ей агентов и источников информации, работавших в различных федеральных учреждениях. Сведения Гузенко позволили разоблачить 16 офицеров – оперативников резидентуры ГРУ и около 20 работавших на них граждан Канады, среди которых были члены парламента и высокопоставленные служащие различных правительственных ведомств, а также известный британской физик-ядерщик Аллан Нанн Мэй и его канадский коллега Исраэл Холперинг. В результате расследования, проведенного ФБР и Канадской королевской конной полицией, был установлен «круг интересов» советской разведки. Главными из которых являлась информация об исследованиях в сфере разработки и производства ядерного оружия, новейших способах наведения, а также сведения о внешней политике США. В результате расследования резидентуры Первого управления и ГРУ оказались в весьма непростом положении. Глава НКГБ В. Н. Меркулов отдал распоряжение прекратить все контакты, предупредить всех агентов и немедленно отозвать в СССР всех офицеров-оперативников. Советским резидентам в Нью-Йорке и Вашингтоне было предписано незамедлительно «прекратить на 3–4 месяца все контакты со значительной частью важнейших агентов. В сущности, разоблачения И. Гузенко и Элизабет Бентли смогли на небольшое время парализовать работу важнейших советских резидентур.