Уже в октябре 1932 г. на Третьем панъевропейском конгрессе в Базеле Куденхове-Калерги выдвинул тезис о непримиримом отношении к Гитлеру и Сталину. В 1933 г. панъевропейская литература в Германии была запрещена и сожжена (объединение Европы, по мнению нацистов, привело бы к недопустимому «смешению рас»). Организация переместилась в Австрию. В 1935 г. в Венском парламенте прошло заседание Четвертого панъевропейского конгресса, посвященное борьбе с национал-социализмом. В Германии после прихода нацистов к власти деятельность масонов и Панъевропейского союза были запрещены, а все книги Куденхове-Калерги включены в список книг, подлежащих сожжению. В марте 1938 г., после аншлюса Австрии, нацисты разгромили секретариат ПЕС в Вене, а Р. Куденхове-Калерги был вынужден бежать в Швейцарию. В 1940 г. он эмигрировал в США, где в марте 1943 г. в Нью-Йорк состоялся Пятый конгресс пан-Европы. С 1942 по 1945 г. Калерги преподавал историю в Нью-Йоркском университете.

В 1945 г. граф вернулся в Европу и стал сотрудничать с одним из мозговых центров «мировой закулисы» – Королевским институтом международных дел. После Второй мировой войны Рихард Куденхове-Калерги стремится привлечь к процессу объединения Европы Уинстона Черчилля и Шарля де Голля, выступает за «освобождение народов Центральной и Восточной Европы от советской оккупации» и более тесное экономическое и политическое объединение свободных европейских государств. Потомок первых крестоносцев выступил за «крестовый поход» против коммунизма и непосредственно против СССР. Резко антисоветская позиция лидера ПЕС оттолкнула от него левые силы, укрепившие свои позиции в Европе после войны. Европейские социалисты обвиняли панъевропейское движение в правом консерватизме, христианской направленности и даже монархизме. Особую неприязнь вызывала в среде левых резкое неприятие панъевропейцами социализма и коммунизма. «Мировая закулиса», однако, вновь оказала архитектору Пан-Европы всяческую поддержку. 19 сентября 1946 г. Уинстон Черчилль произнес в Цюрихском университете речь, посвященную необходимости создания Соединенных Штатов Европы, текст которой был подготовлен совместно с Куденхове-Калерги. В сочетании с Фултонской речью, положившей начало холодной войне и полному подчинению Великобритании своей бывшей американской колони, это определило и определяет характер панъевропейского движения по сей день.

В 1947 г. с целью объединения европейских парламентариев Куденхове-Калерги основал Европейский парламентский союз (ЕПС). 18 мая 1950 г. Куденхове стал первым лауреатом Международной премии имени Карла Великого «за деятельность по объединению Европы, ставшую делом всей его жизни». В 1966 г. он выпустил мемуары «Жизнь ради Европы. В 1965 г. Рихард Куденхове-Калерги складывает с себя функции почетного президента и проводит реорганизацию ПЕС. После его смерти в 1972 г. Панъевропейское движение возглавил наследник австрийских императоров Отто фон Габсбург.

В годы холодной войны ПЕС выступал как одно из подразделений ЦРУ, поддерживая контрреволюционное подполье в странах Восточной Европы. Как признается открыто в документах Международного Панъевропейского союза в наши дни, «отделения Союза в этих странах способствовали падению коммунистического режима». После распада социалистического блока в ПЕС вступает Венгрия (1989 г.), отделения союза создаются в Чехии, Словакии, Польше, Румынии, Хорватии. В декабре 1990 г. в Праге прошло генеральное собрание ПЕС, в котором приняли участие 400 делегатов от 26 больших и малых европейских народов. В апреле 2002 г. в Вене и Братиславе состоялся Панъевропейский конгресс, посвященный 80-летию основания Союза. Все вернулось на круги своя.