До 1905 г. военной разведкой руководил генерал В.П. Целебровский. Его сменил генерал Н.С. Ермолов, занимавший эту должность до 1906 г.

Однако к войне с Японией Россия и ее военная разведка оказались не готовы. Оба государства понимали, что вооруженное противостояние между ними неизбежно из-за Маньчжурии, поэтому целенаправленно наращивали свою мощь для решающего сражения. В силу объективных причин этот процесс протекал довольно-таки вяло как с японской, так и с российской стороны.

Япония интересовалась Маньчжурией, потому что она находилась вблизи от их островов. Это обстоятельство имело главное значение для достижения далеко идущих целей – установления господства над всей территорией Китая.

Несмотря на постепенное проникновение русских в Маньчжурию, японцы, опасаясь корзней «русского медведя», старались достичь максимального перевеса в силах и средствах над потенциальным противником, медлили, наращивали усилия своей военной разведки, насаждали агентуру в европейской части России, приобретали важную информацию, стараясь тем самым заранее предугадать тот момент, когда будет целесообразно и выгодно развязать конфликт. Помимо агентуры патриотических обществ, агенты разведки сухопутной армии и военно-морских сил Страны восходящего солнца имелись во всех стратегических пунктах Российской империи.

Следует отметить, что приготовления России к войне проводились в совсем иных условиях, чем та подготовка, которой занималась Япония. Русские были отдалены от своей базы многими тысячами километров. Это вынуждало их усиливать Сибирь с таким расчетом, чтобы в случае войны она не зависела от европейской части страны. Для быстрой переброски вооружения и солдат строились Транссибирская железная дорога, осуществлялась прокладка железнодорожных путей к югу от реки Амур. Обе магистрали, проходившие по открытой, мало или совсем незаселенной местности, были особенно уязвимы и могли стать одним из первых объектов атаки со стороны потенциального противника. Поэтому вдоль них одновременно строились укрепления, воздвигались форты. Вместе с тем реконструировались и улучшались укрепления на российской военно-морской базе в Порт-Артуре и в таких важных центрах, как Владивосток и Хабаровск. Строились склады для боеприпасов и оружия, новые электростанции.

Однако все эти усилия сводились на нет из-за недооценки значения военной разведки в период подготовки к войне. Пренебрежение к противнику, отсутствие желания знать, что творится в его стане, в конечном итоге привело к трагическим для империи последствиям.

Под впечатлением поражения России в войне с Японией (1905–1906) осенью 1906 г. в ГУГШ поступили докладные записки нескольких офицеров разведывательного отделения с конкретными предложениями по перестройке деятельности разведорганов. По их мнению, САР и ОАР следовало заниматься на базе штабов приграничных военных округов под руководством ГУГШ и с непосредственным его участием. При этом Главное управление должно создавать агентурную сеть в важнейших центрах вероятного противника, а штабы округов – в приграничных районах прилегающих государств. Кроме того, «люди снизу» считали, что для выявления сил потенциального неприятеля целесообразно чаще организовывать командировки офицеров Генерального штаба с целью рекогносцировки путей сообщения и укрепленных районов в приграничной полосе.

В результате в апреле 1906 г. утверждается новая структура ГУГШ. Ею впервые официально закрепляется разделение добывающей и обрабатывающей функций разведки. Разведкой занимались части 1, 2 и 3-го обер-квартирмейстеров Управления генерал-квартирмейстера ГУГШ. Добывание информации теперь возлагалось на 5-е (разведывательное) делопроизводство части 1-го обер-квартирмейстера в составе трех человек: