Свободное от службы, проповедей и приема прихожан время священник посвящал литературному творчеству. Главный труд отца Александра – «История религии» в семи томах, состоящая из серии «В поисках пути, истины и жизни» и книга об Иисусе «Сын человеческий», в которой автор рассматривает историю нехристианских религий как путь к христианству в борьбе магизма и единобожия. Вообще отец Александр Мень – один из зачинателей христианского «самиздата», он издавал книги не только на деньги церкви, но и на свои личные средства (особенно когда тематика книг была неугодной епархии или шла в разрез общепринятому мнению). Кстати, за его откровенность, открытость и смелость, его полюбили многие увлеченные оккультными науками. В то время, когда церковь не признавала колдунов и ведьм, он охотно принимал их. Также Мень был духовным наставником, а часто и крестным отцом многих диссидентов 1970-х и 80-х годов, хотя сам воздерживался от активной правозащитной деятельности, видя свою миссию в духовном просвещении.

С середины 1980-х годов отец Александр Мень – один из самых популярных христианских проповедников (в том числе в средствах массовой информации). На свои деньги он издавал бесплатно распространяемый журнал «Мир Библии», большинство статей для которого писал сам – современным языком (часто используя жаргонные выражения) рассказывая и пересказывая библейские события. Он создал один из первых в России благотворительных фондов, который собирал деньги на лечение пациентов Российской детской клинической больницы.

Как у любого публичного человека, у Меня были не только сторонники и поклонники, но и недоброжелатели. Во время выступлений он неоднократно получал записки с угрозами, письма оскорбительного толка приходили к нему и по почте (нередко – от религиозных фанатиков, убежденных, что он нарушает каноны христианства), однако нанимать охрану он никогда и не думал – говорил, «на все воля божья». В результате священник был убит.

Он торопился в церковь: надо было успеть к литургии. Предположительно произошло следующее: к нему подбежал какой-то человек и протянул записку. Мень вынул из кармана очки и начал читать. В это время из кустов выскочил другой человек и с силой ударил его сзади топором. Обливаясь кровью, священник направился к станции. По пути женщина спросила: «Кто вас так, отец Александр?». «Да нет, никто, я сам!» – ответил он. Потом, теряя силы, повернул назад, к дому, дошел до калитки и упал. Несмотря на личные распоряжения президента СССР и председателя Верховного Совета России, убийство осталось нераскрытым.

Уже после смерти Меня многие уважаемые люди, в числе которых православный богослов профессор Алексей Осипов, протодиакон-миссионер Андрей Кураев, священник-миссионер Даниил Сысоев и другие назвали покойного еретиком, призвали его книги считать экстремистской литературой, а всех последователей Меня считать заблудившимися, сошедшими с пути истинного. Все потому, что, с их слов, высказывания отца Александра Меня противоречат основам православного учения, строятся на лженауках (в его работах часто встречаются понятия «астрология», «астральный мир», «космос», «карма» и др.) и построены таким образом, что могут свести с ума неподготовленных людей.

Среди спорных и скандальных заявлений Меня называют его проповеди о том, что мир на планете создавали не Бог, а Сатана, просто в результате конфликта Сатана был отстранен от дел. Изначально же «Проект Мир» был совместный, и теоретически у нас могло бы быть два духовных лидера. Мень поддерживал известную эволюционную теорию о том, что человек произошел от обезьяны (что противоречит взгляду современной церкви, которая считает, что человека создал бог, а душа и тело появились одновременно). Мень отвергал богодухновенность Священного Писания, утверждая, что Библия – просто книга, написанная летописцами своего времени и просто описывающая происходившие много лет назад события, поклоняться ей, перечитывать по несколько раз он считал неразумным – «как любую книгу Библию нужно прочитать один раз, чтобы знать, что происходило на самом деле». Наконец, Меня обвиняли за его публично высказываемое предположение, что Иисус Христос был либо экстрасенсом, либо его вообще не существовало, и он – собирательный образ, не «единая личность, а Всечеловек (у Александра – курсив), целокупная душа всего человечества».