В 1730-е гг. сделаны первые попытки благоустройства острова. Была прорублена просека длиной свыше километра, послужившая впоследствии (1798 г.) трассой Аптекарского проспекта. Первоначально названия она не имела, построек на ней не было. Хозяевами здесь были только служащие огорода и мастерской лекарских инструментов.

В начале XIX в. началось благоустройство всей трассы, которой придавался вид улицы. В 1817 г. ее назвали Малым Аптекарским проспектом. В 1828–1845 гг. она называлась Песочным проспектом, Песочной улицей (название связано с характером почвы этой местности), вновь Аптекарским проспектом. В 1856 г. это название закрепилось окончательно.

На участке от набережной Карповки до улицы Профессора Попова с выходом к Большой Невке расположен Ботанический сад. Он создан в 1823 г. на базе Аптекарского огорода. В 1931 г. здесь организован Ботанический институт АН СССР. В 1940 г. ему присвоено имя В.Л. Комарова (см.: ул. Профессора Попова, 2).

Со стороны проспекта просматриваются главное здание института и четырехэтажный дом гербария и библиотеки Ботанического сада, возведенный в 1911–1915 гг. по проекту архитектора А.И. Дитриха (дом № 1). Центральная ось его главного фасада выделена двумя парами пилястр ионического ордера.

В здании хранится уникальный гербарий, насчитывающий около пяти миллионов листов растений.

15 ноября 1941 г. одна из бомб попала в Ботанический сад и разрушила оранжереи, где погибло много редких растений и деревьев.

На территории Ботанического сада, на пересечении проспекта с улицей Профессора Попова, в 1912–1914 гг. по проекту А.И. Дитриха построено здание для рабочих и сотрудников сада.

Дом № 3 (см.: ул. Профессора Попова, 5).

В 1792 г. на участке, занимаемом домами №№ 5, 7 и 9, построили двухэтажное здание для Медико-хирургического училища. В связи с тем, что оно располагалось далеко от госпиталей, было решено «здание обратить в помещение фабрики хирургических инструментов, лаборатории, типографию, заведя тут же особый Запасный магазин аптекарских материалов ради лучшего сбережения оных».

Вопрос о постройке «Магазина аптечных материалов» (что-то вроде склада) с лабораториями и подсобными помещениями, включающими эксикаторию – сарай для сушки лекарственных трав, затянулся до 1830-х гг. Весной 1837 г. архитектор З.Ф. Краснопевков выполнил план местности, представив его в Комиссию проектов и смет Совета путей сообщения и публичных зданий. План был представлен Николаю I и Высочайше одобрен.

Здание магазина с флигелями возведено вдоль Аптекарского проспекта. Слева и справа от него, а также за ним построены лаборатории. Автором этих домов, видимо, был архитектор-строитель З.Ф. Краснопевков, в 1830-е гг. работавший в Медико-хирургической академии; в 1837–1843 гг. он служил в МВД. Некоторые чертежи, хранящиеся в архиве, подписаны Д. Висконти, Ф. Руска и Шарлеманем 2-м.

Главный запасный магазин («Магазин аптечных материалов») в результате слияния магазина Главной аптеки, погребов и лабораторий медицинского сада стал родоначальником Химикофармацевтического завода № 1 (дом № 5).

С Главным запасным магазином, впоследствии переросшим в завод военно-врачебных заготовлений, связаны первые шаги отечественной лекарственной химии. Он был тесно связан с Медикохирургической академией. В 1808 г. учреждено особое фармацевтическое отделение для подготовки провизоров. Для студентов читались лекции по фармации, фармакологии, химии, зоофармакологии и зоотомии.

В 1840-е гг. было решено построить новый Запасный магазин с лабораторией. Его строительство завершилось в 1846 г.