Несмотря на то, что окружающая среда постоянно вызывает в клетке изменения, в каждый конкретный момент времени она стабильна. Такая ситуация может быть названа функциональным состоянием клетки. Способность клетки к поддержанию своих внутренних условий и к определенного рода поведению определяется ее функциональным состоянием. Здоровье клетки является, по существу, одним из ее функциональных состояний. Здоровая клетка имеет некоторый набор возможностей и способов поведения, который отличается от возможностей менее здоровой клетки. Функциональное состояние клетки может сохраняться на относительно стабильном уровне в течение некоторого времени, но оно может также и изменяться, как плавно, так и достаточно резко. Функциональное состояние клетки может изменяться под влиянием как собственно внутренних факторов, так и под влиянием ее взаимодействия со средой. На самом деле эти процессы трудно, а иногда и просто невозможно разделить.

Организмы состоят из бесчисленного числа ядерных клеток, которые со временем специализировались, чтобы сформировать органы и чтобы выполнять в клеточной системе специфические функции. Как и клетка, организм обладает свойствами текучести, подвижности и в значительной мере стабильности. Как и к клетке, к организму приложимо понятие функционального состояния. Под влиянием различных процессов состояние организма непрерывно меняется. Системы, составляющие организм, также функционально взаимозависимы. Чтобы организм мог поддерживать себя в здоровом состоянии, каждая из них должна работать вполне определенным образом. Любые отклонения влияют на функциональное состояние организма и на благополучие любой его составляющей.

Деятельность каждой клетки и каждого организма управляется с помощью внутреннего механизма. Например, все клетки развивающегося эмбриона исходно одинаковы, но затем они постепенно дифференцируются и в итоге становятся высокоспециализированными. Зверь, бегущий через лес, постоянно меняет свою походку, очертания и направление движения в зависимости от восприятия ситуации и в соответствии с процессами, заложенными в его системе управления. Подсолнечник в поле ориентирует свое соцветие прямо на солнце. Очевидно, что существует определенное взаимодействие между средой и живым организмом, которое запускают процессы, идущие внутри этой особи и обуславливающие ее поведение. Из всех возможных способов поведения только один реализуется в данный конкретный момент. Более того, не все живое способно вести себя одинаковым образом. Поведение растений, например, значительно отличается от поведения животных. Не все животные обладают одинаковыми возможностями. Некоторые более гибки, чем другие, и способны жить и даже процветать в самых разных условиях окружающей среды.

Система управления клеткой имеет преимущественно биохимическую основу. Химические реакции протекают внутри клетки, а также между клеткой и окружающей ее средой. Такие реакции могут изменять ее функциональное состояние. Некоторые реакции носят регулярный и повторяющийся характер, обеспечивая необходимое в данный момент состояние клетки. Другие происходят редко и приводят к радикальным изменениям ее состояния.

Межклеточное взаимодействие также основано на биохимических процессах внутри каждой клетки, но оно включает также и поведение клеток как целостных единиц. На поведение клетки влияют те клетки, с которыми она вступает в контакт. Например, Т-клетки (лимфоциты) иммунной системы человека патрулируют по всему телу, выслеживая вторгшихся микробов. Они опознают клетки как свои или чужие на основе химических процессов. Когда же клетка опознана как чужая, Т-клетки агрессивно ее атакуют. Поведение Т-клетки имеет серьезные последствия для клетки, с которой она входит в контакт. Таким образом, взаимодействие между клетками управляется как процессами, протекающими внутри каждой клетки, так и самой формой их поведенческого взаимодействия. Когда одна клетка воздействует на другую неожиданным или необычным способом, то происходит нечто новое. Меняется характер взаимодействия. Именно таков, например, случай взаимодействия вируса иммунодефицита человека и клеток иммунной системы.