Устав гимназий и прогимназий 1864 года полностью отменил телесные наказания в средней школе. До 10 % учащихся каждой гимназии могли учиться бесплатно, что давало возможность поступления в них выходцам из низших слоев. Отличившиеся в учении получали государственные пособия и стипендии. Срок обучения в гимназии был установлен в семь лет, а с 1872 года – восемь лет. Для подготовки к поступлению в гимназию учреждался приготовительный класс. Гимназии делились на классические с греческим языком и латынью, классические только с латынью и реальные гимназии, которые уже в 1871 году были упразднены. Гимназии давали преимущественно гуманитарное образование.

В 1872 году вместо реальных гимназий были созданы реальные училища. В них отсутствовали древние языки, была расширена программа по математическим и естественнонаучным предметам. Обучение длилось шесть лет. Имелся приготовительный класс. Пятый и шестой классы делились на основной и коммерческий курсы. Последний класс имел три специализации – техническую, химико-технологическую и общеобразовательную. После окончания реального училища выпускники могли поступать в высшие технические и сельскохозяйственные учебные заведения. Гимназии по-прежнему предоставляли право поступления в университет.

Однако, несмотря на предпринятые меры и расширение сети учебных заведений, значительная часть населения России оставалась неграмотной. Тогда по общественной инициативе появляется «совершенно оригинальный и новый тип учреждений» [220, с. 33] – воскресные школы, ставшие впоследствии уникальным явлением православной педагогической культуры. «В разных городах, – пишет Н. В. Чехов, – а отчасти и селах России в промежуток времени с 1857 по 60 год возникло по частной инициативе до 500 воскресных школ. Отличительной чертою их было – бесплатный и добровольный учительский труд, бесплатное помещение и новая педагогическая задача дать учащимся – взрослым и подросткам – не только элементы грамотности и математики, но и первоначальное общее развитие» [220, с. 33]. В воскресные школы учиться шли по желанию, обучение было бесплатным, а учительский персонал весьма разнородным: священники, дьяконы, врачи, студенты и т. д. Но со временем в существовании этих школ возникли проблемы, некоторые воскресные школы стали использоваться для пропаганды политических идей. В 1862 году школы закрыли, а в 1864 году они были разрешены вновь. Теперь они открываются при большинстве духовных семинарий, позже – появляются частные воскресные школы. 13 июля 1884 года выходят «Правила о церковно-приходских школах», где отдельным параграфом духовенству разрешалось открывать при церковно-приходских школах школы воскресные. Просуществовали воскресные школы вплоть до революции 1917 года.

К. Д. Ушинский, посетив в свое время ряд таких школ, вынес из них, по его словам, «самое отрадное, самое успокоительное чувство» [208, с. 58]. Поразило его сосредоточенное, напряженное внимание разнохарактерной толпы детей, юношей и взрослых, пришедших учиться в школу. Видно было, что все они собрались делать дело и для него пожертвовали несколькими часами единственного свободного дня своей трудовой недели. Причем дело это казалось им не только полезным и серьезным, но «каким-то святым, каким-то религиозным делом». Из этих наблюдений Ушинский делает вывод о нужности и своевременности воскресных школ в России. Как опытный педагог, он дает несколько советов в их устроении. Воскресная школа должна основываться, по мнению ученого, на совершенно свободном желании учиться и учить. Устройство ее должно быть самое нехитрое. Что касается дидактической части, то тут Ушинский прежде всего указывает на то, что не следует спешить с обучением в воскресной школе грамоте, поскольку грамотность он считал только тогда важным приобретением для человека, «когда он вместе с ней получает желание и умение пользоваться ею как следует, т. е. так, чтобы чтение развивало его ум, обогащало его полезными познаниями и укрепляло в нем христианский, нравственный элемент» [208, с. 64]. «Читать, – продолжает ученый, – это еще ничего не значит: что читать и как понимать читаемое – вот в чем главное дело». Поэтому он советует не торопиться с учением чтению и сопровождать его постоянным умственным и нравственным развитием учеников. «Надобно сначала, – пишет Ушинский, – расшевелить ум и сердце ученика, сообщить ему жажду знания, жажду нравственной и умственной пищи, приучить его к этой пище и потом уже, развернув пред ним книгу, благословить на дальнейший, самостоятельный прогресс» [208, с. 65]. С этой точки зрения ученый советует если и начинать обучение грамоте с первых же классов, то понемногу, уделяя на это немного времени и посвящая остальное время беседам с учениками, которые бы могли развивать их ум, сердце и слово. Цель этих бесед – развитие умственных способностей учеников, их рассудка, наблюдательности, памяти, воображения. Благодаря этим беседам необходимо пробудить умственные способности учеников к самодеятельности, сообщить привычку к ней. Ушинский определяет и примерные темы бесед. Начинает он с таких тем, как: события ветхозаветной истории, евангельские события, история Церкви, главнейшие священнодействия и обряды богослужения, главнейшие нравственные обязанности каждого человека, о которых «следует говорить более при изложении события евангельской истории, обращаясь в то же время к образу жизни самих учеников». Затем Ушинский предлагает для бесед темы из важнейших событий всемирной и родной истории, связанной с историей Церкви, а далее – беседовать о главных физических явлениях, о животных, научить вести умственное счисление на наглядных примерах (мера, вес, измерение времени и т. п.), рисование с натуры, знакомство с ремесленными производствами, ознакомление с главнейшими техническими изобретениями. Разнообразие это, по мнению Ушинского, не стесняет школы, а, наоборот, дает свободу в выборе.