Цель учения была направлена на спасение: «…каждый ученик должен прежде всего учиться тому, что ведет его к спасению». Жизнь школы так же, как и раньше, была еще тесно связана с Церковью: в уставе указывается на необходимость посещения церкви в воскресные и праздничные дни, необходимость исповедоваться и причащаться в каждый пост. Как и в древнерусской школе, обязательна была молитва перед учением: «Поутру все, сошедшись в назначенный час, не должны начинать учения, пока не прочтут молитв и обычного предисловия. Ибо сказано: “в начале дела твоего Бога поминай”». Важнейшими средствами духовно-нравственного воспитания продолжали оставаться поучение и проповедь: «После обеда в субботу учитель обязан не малое время и гораздо больше, чем в прочие дни, беседовать с детьми, поучая их страху Божию и чистым юношеским нравам: как они должны быть в церкви перед Богом, в доме перед родными своими и как им везде сохранить добродетель и целомудрие, то есть пред Богом и Святыми Его почитания и страх, пред родными и учителем послушание, пред всеми вообще покорность и уважение, а сами в себе чистоту и добродетель…»; «В воскресенье и праздники Господские, пока пойдут к Литургии, учитель обязан со всеми беседовать и наставлять их о том празднике или святом дне, и учить их воле Божией. А после обеда должен всем изъяснять праздничное Евангелие и Апостол. Ибо сказано: “Блажен, иже в законе Господни поучается день и ночь”». Таким образом, в достижении целей религиозно-нравственного воспитания учащихся братская школа не употребляла средств искусственных, но обращалась к тем, какие употребляет церковь. На первом месте – обязательное посещение богослужения, принятие св. Таинств, благоговейная молитва. «Весь строй братской школы, – пишет С. И. Миропольский, – проникнут был религиозностью, но эта религиозность, искренняя, простая, безыскусственная, исходящая от души, правдивая и основанная на уставах церкви…» [136, с. 151].

Школа продолжала оставаться всесословной: «…богатые пред убогими в школе ничем не могут быть выше, как только наукою… ибо все мы братья во Христе». От учащихся требовалось послушание и выполнение правил дисциплины, которые не были авторитарно-принудительными, но органично вытекали из воспитательной концепции школы: «…старшему оказывать безусловное послушание, во всем советуясь с ним и ему повинуясь добровольно, без всякого принуждения и ропота, как тому, который будет наставлять и учить всему приличному и полезному»; «никто не должен ходить ни в какие неприличные собрания или пирушки и иметь обращение и товарищество с теми, которые тому преданы, ибо человек, как с преподобными преподобен бывает, так со строптивыми развращается».

После воссоединения с Московским царством (1654) части украинских и белорусских земель влияние подобных школ на образование в Русском государстве усилилось. Церковный Собор 1666–1667 годов, осудивший старый обряд, назвал основной причиной раскола невежество духовенства. Поэтому была поставлена задача ввести его в систематическое школьное образование. Помощь в этом деле оказали Москве выпускники Киевской академии. Однако пока речь еще не шла о создании высшей школы. В школах продолжалось элементарное образование, греческий и латынь не изучались, а изучалась азбука, часослов, псалтирь, письмо и пение. Обучение по преимуществу происходило в домах священников и дьячков, т. е. было делом частным, а не правительственным.

В конце XVII века в высшем русском духовенстве зреет мысль о создании греко-славянского просветительского центра. С этой целью в 1685 году в столицу были приглашены греческие ученые братья Иоанникий (1639–1717) и Софроний (1652–1730) Лихуды, возглавившие греческую школу при Богоявленском монастыре. Эта школа потом влилась во вновь созданную Славяно-греко-эллинскую (позже Славяно-греко-латинскую) академию (1687) – первое в Московской Руси высшее учебное заведение. Братья Лихуды содействовали развитию на Руси греческого богословия и византийской педагогической традиции, не отвергая при этом и европейской науки. Взяв за основу программы латинских школ Европы, педагоги попробовали перестроить их на православных источниках. Учебный материал осмыслялся с православных позиций, учащихся готовили к полемике с представителями других вероисповеданий. В разные годы академию закончили такие видные поэты и ученые, как Карион Истомин, Леонтий Магницкий, М. В. Ломоносов и др.; ее выпускники занимали как духовные, так и светские должности.