Для непосредственного управления флотом в наркомате по военным и морским делам было сформировано Управление Военно-Морских Сил. Таким образом, Военно-Морские Силы были сведены до уровня одного из управлений военного наркомата. Так государство констатировало реальное место РККФ в обороне государства. Таким образом, флот попадал в полную зависимость от руководства РККА, что негативно повлияло на его дальнейшее развитие. Теперь вопросы оперативного использования сил флота стали прерогативой командующих войсками приморских военных округов.

Определенная работа по восстановлению портов и судостроительной промышленности позволила уже в 1922 году приступить к ремонту нескольких кораблей и судов и формированию из них хотя и весьма небольших, но все же более-менее боеспособных соединений.

Что касается военного судостроения, то его масштабы до середины 20-х годов так же были также ничтожны. Никаких новых кораблей не строили вообще, а пытались достраивать, то что было заложено еще до революции, но и на это денег не хватало. Так в конце 1920 года в Николаеве была достроена бывшая уже в большой степени готовности подводная лодка АГ-23, в 1923 году там же был достроен почти готовый эсминец «Незаможник», а еще два года спустя эсминец «Петровский».

К 1924 году Балтийский флот имел два восстановленных линейных корабля, один крейсер, восемь эсминцев и девять подводных лодок. В состав Черноморского флота к этому времени были введены старый крейсер, два эскадренных миноносца, две подводные лодки и несколько мелких кораблей. Понемногу восстанавливались также флотилии на Каспийском море и на Амуре. Показателем темпов восстановления флота явился весьма слабый рост его общего водоизмещения, составившего в 1923 году – 82, в 1924 году – 90, в 1925 году – 116, в 1926 году – 139 тыс. тонн. Учитывая, наличие пяти изолированных морских театров, темпы восстановления флота следует признать неудовлетворительными.

Что касается Сталина, то он напрямую вопросами РККФ в то время не занимался. Однако, будучи человеком государственным, безусловно, в общих чертах был в курсе событий.

Крайне сложной была ситуация и в отечественном торговом флоте. Так, после окончания Гражданской войны, от торгового флота на Черном море и на Дальнем Востоке осталось всего 5 % судов. Немногом лучшее положение было и на Балтике. Поэтому уже в 1920 году руководство п РКП (б) впервые публично озадачилось проблемами торгового флота, вернее проблемами состояния внешней торговли. Так на собрании актива Московской парторганизации 6 декабря 1920 года В.И. Ленин сказал коротко: «Мы вывозить можем, но мы не имеем флота». На X съезде РКП(б) Ленин снова посетовал на наличие данной проблемы: «Для сношения с Европой надо иметь флот, этого у нас нет». Разумеется, что присутствовавший на съезде И.В. Сталин не мог не слышать данной реплики вождя и не отметить данный факт в своей памяти. Причины для озабоченности были – остатки былого торгового флота в 1921 году смогли перевезти всего 3,6 % (нескольким более 350 тыс. тонн) всех внешнеторговых грузов.

16 октября 1920 года постановлением Совета Труда и Обороны, с участием И.В. Сталина, ремонт торговых судов был объявлен одной из важнейших задач Республики и включены в программу ударных работ наркомата путей сообщения. Этим же постановлением предусматривалось обеспечение управления водного транспорта топливом и всеми необходимыми материалами.

24 марта 1921 году В.И. Ленин подписал постановление Совнаркома «О государственном судостроении», где определялся порядок организации и развития судостроения как единой отрасли. Отныне все государственное судостроение было сосредоточено в ведении ВСНХ. Однако в реальности выполнить постановление в экономических условиях 1921 года было невозможно. Мелкая судостроительная деятельность, которая едва тлела, была возложена на организацию «Судотрест». В 1922 году ежегодный выпуск продукции судостроительными заводами составлял всего 8 % от масштабов российского судостроения 1913 года. В выступлении на 9-м Всероссийском съезде Советов 23 декабря 1921 года В.И. Ленин объявил водный транспорт – «материальным орудием связи с заграницей».