Большевики побаивались амбициозных военных. Опасность военного переворота казалась вполне вероятной. Историк и публицист Николай Васильевич Устрялов, который издавал газету в Омске, пока там были колчаковские войска, писал, что большевики избавились от страха появления нового Наполеона, поставив во главе Красной армии Троцкого. «У нас нет своего «Троцкого», – сокрушался Устрялов. – В отличие от большевиков мы были бы вполне удовлетворены, если бы вопрос разрешился у нас явлением «Наполеона». Однако, увы, и Наполеона у нас нет…»

Иоакима Вацетиса не любили в ВЧК, что погубило его военную карьеру. Возможно, потому что он держался независимо. 18 апреля 1919 года главком Вацетис в подробном докладе Ленину пожаловался, что комиссары обижают высокообразованных офицеров, которые тащат на себе всю штабную работу, трудятся «в высшей степени добросовестно, честно и с гораздо большей затратой энергии, чем это делалось и требовалось условиями службы старой императорской армии».

Еще 20 октября 1917 года Военно-революционный комитет при Петроградском совете создал институт военных комиссаров, которые должны были представлять в воинских частях советскую власть, контролировать действия военных специалистов и следить за тем, чтобы они не перебегали к врагу. Троцкий так и писал в 1918 году: «Комиссары ставятся у нас в первую голову для наблюдения за командным составом. Если командир перебежал, виноват комиссар, и в боевой обстановке он за это отвечает головой».

Но многие военкомы в принципе не доверяли бывшим офицерам и стали вмешиваться в чисто военные дела. Вацетис писал об оскорбительном недоверии к бывшим офицерам, которые по своей воле пошли служить советской власти, жаловался на несправедливое отношение к ним со стороны комиссаров:

«Скажу откровенно, что каждый комиссар, назначенный контролировать деятельность какого-нибудь отдела в штабе, имеет своим затаенным желанием поймать в контрреволюционности и предательстве какое-нибудь лицо Генштаба… Такими замашками страдали жандармы старого режима, служебное повышение которых находилось в сильной степени в зависимости от того, сколько удастся раскрыть заговоров против самодержавного строя…»

Вацетис перечислил ряд бывших офицеров, которые были арестованы без всякой вины, и добавил, что такие аресты внушают страх остальным офицерам. Он просил проверить правомерность действий начальника Особого отдела ВЧК Михаила Сергеевича Кедрова:

«Товарищ Кедров мне известен по весьма неудачному командованию им 6-й армией, во время которого он совершенно незаконно, не имея никаких прав на это, приказал арестовать командующего 2-й армией товарища Блохина и весь штаб 2-й армии, добавив в телеграмме, что, если надо, то и расстрелять.

2-я армия Кедрову подчинена не была. За этот поступок Кедров был уволен с должности командующего 6-й армией. Этим своим незаконным и необдуманным арестом Кедров совершенно разбил управление 2-й армии, вследствие чего развалилась 2-я армия, и это было в тяжелые дни, когда чехословаки захватили Казань и грозили продвижением в центр Республики…»

Михаил Кедров и представить себе не мог, что в сталинские времена его самого арестуют точно так же – без какой-либо причины, а после оправдания в суде (что само по себе было невиданным делом!) все равно расстреляют… А тогда чекисты одолели главкома. Особый отдел ВЧК арестовал бывшего офицера, состоявшего при Вацетисе, и доложил Дзержинскому, что в Полевом штабе Реввоенсовета созрел белогвардейский заговор. Председатель ВЧК доложил о заговоре Ленину, тот подписал приказ об освобождении Вацетиса.