Окольничий сыграл заметную роль и в истории духовной жизни XVII в. Пользуясь покровительством царя Алексея Михайловича и патриарха Иосифа, Ртищев на месте своего отшельнического скита построил Спасо-Преображенский монастырь, в Москве при Андреевском монастыре открыл школу (так называемое Ртищевское братство), где «обучали языкам славянскому и греческому, наукам словесным до риторики и философии». Преподавали в нем приглашенные из Киева ученые монахи, которых основатель училища всемерно поощрял к переводам с греческого на славянский, а Епифания Славинецкого подвигнул составить славяно-греческий словарь. Школа стала основой знаменитой Славяно-греко-латинской академии.

Хотя первый отечественный орган государственной безопасности – Приказ тайных дел – не пережил своего основателя, однако и после него политический сыск и наиболее ярко олицетворяющий его институт «слова и дела» остался в России в полной неприкосновенности. Время и вся обстановка правления Петра I – крупнейшего представителя династии Романовых, – когда на народные выступления наложилась ожесточенная борьба в самом правящем классе, еще более настоятельно потребовали создания нового органа госбезопасности, чем это было при предшественниках на троне. После смерти Федора Алексеевича, старшего бездетного сына Алексея Михайловича, на престол в апреле 1682 г. был возведен Петр, сын царя от второго брака. Однако Милославские, родственники первой жены Алексея Михайловича, и царевна Софья, его дочь от первого брака, воспользовались восстанием стрельцов в Москве и уже в следующем месяце произвели государственный переворот. В мае 1682 г. по заранее составленному списку на глазах малолетнего царя были убиты его дяди по матери Афанасий и Иван Нарышкины, боярин А.С. Матвеев, некоторые другие знатные бояре из поддерживающей Петра партии. Увиденная им кровавая драма, судя по всему, нанесла серьезную психическую травму десятилетнему мальчику и обусловила припадки гнева и конвульсивное подергивание головы, неоднократно наблюдавшиеся у Петра в зрелом возрасте. Клан Нарышкиных был отстранен от власти, безраздельно доставшейся Софье Алексеевне, а Петр, отправленный правительницей вместе с матерью в почетную ссылку в подмосковное село Преображенское, был объявлен «младшим» царем при «старшем» царе – его старшем сводном брате Иване Алексеевиче, болезненном и неспособном к руководству государством. Шло время, Петр рос, и тем самым естественным образом исчезал единственный законный повод нахождения государственной власти в руках Софьи, заключавшийся в малолетстве ее сводного брата. Женитьба молодого царя в январе 1689 г. и его публичный скандал с сестрой в июле того же года подтолкнули Софью и ее окружение к решительным действиям. В том же месяце Ф. Л. Шакловитый, еще ранее назначенный правительницей думным дьяком Стрелецкого приказа, начал составлять заговор, в который попытался втянуть подчиненных ему стрельцов. Предполагалось убить Петра, зарезав его ножом на пожаре или бросив в него гранату, а Софью официально возвести на престол. Когда в августе 1689 г. Петр узнал о готовящемся заговоре, он поспешно бежал в Троице-Сергиев монастырь, куда начали стягиваться верные ему войска. Открытое вооруженное противостояние наглядно показало всем, что сила на стороне молодого царя, а не его сестры, которая в конечном итоге была вынуждена капитулировать и выдать своих сообщников. Шакловитого и других заговорщиков 7 сентября привезли к Петру в монастырь, где их допрашивала боярская следственная комиссия, подвергнувшая сторонников Софьи долгим и мучительным пыткам. В конце концов Шакловитый признался в заговоре и сделал это письменно, после чего через пять дней ему отрубили голову. Софья была заточена в Новодевичий монастырь, и вся полнота власти перешла к Петру.