Одновременно с Приказом тайных дел в 1658 г. Башмаков возглавлял Литовский приказ, в 1658–1659 гг.– Устюжскую четь. Во главе царской канцелярии и политического сыска оставался до мая–июня 1664 г.; с 23 мая этого года стал ведать Разрядным приказом – важнейшим государственным органом, занимавшимся комплектованием русской армии, денежными и поместными окладами, назначением на должности наместников, воевод, послов, судей, разбором наместнических споров. Был пожалован в чин думного дьяка и в этой должности сменил думного дьяка С.М. Заборовского. В июне 1670 г. переходит в Посольский приказ. Одновременно в 1670–1671 гг. возглавляет Владимирский, Галицкий и Малороссийский приказы. В 1672 г. в составе русского посольства едет в Польшу. В бумагах под 21 декабря 1674 г. упоминается как дьяк Челобитного приказа. В 1676 г. снова становится во главе Приказа тайных дел. Со смертью Алексея Михайловича приказ прекращает существование, и Башмаков контролирует ход его ликвидации. С 1676 по 1700 г. возглавляет Печатный приказ, получает чин печатника – хранителя государственной печати. Эта должность была чрезвычайно ответственной, так как печатник одновременно заведовал личной канцелярией царя. В 1676 г. снова назначается главой Разрядного приказа. После ликвидации Приказа тайных дел в 1677 г., после двухлетнего перерыва в 1680 г. руководит Сыскным приказом, продолжая оставаться печатником. С 1678 по 1680 г. возглавляет Казенный приказ (последний год одновременно с Сыскным); в 1681 г. занимается делами приказа Денежного сбора, в 1682 г. вновь становится во главе Казенного приказа. За долгую и безупречную службу правительство в 1682 г. жалует ему думное дворянство. Последний раз упоминается в источниках около 1700 г.

МИХАЙЛОВ Федор (годы жизни неизв.). Глава Приказа тайных дел в 1664–1672 гг. Впервые упоминается в источниках под 1656 г. в качестве дьяка Пушкарского приказа. Следующие два года руководит Иноземским приказом. С 1660 по 1664 г. – приказом Большой казны, затем 16 июля 1664 г. переводится в Приказ тайных дел, сменив на посту руководителя этого важнейшего государственного органа Д.М. Башмакова, и возглавляет его до августа 1672 г. На этот период приходится наиболее острая фаза конфликта между царем Алексеем Михайловичем и патриархом Никоном. Последний, став в 1652 г. главой Русской православной церкви, проводит широкомасштабное исправление церковных книг и обрядов по греческому образцу, заменяет двоеперстие при крестном знамении на троеперстие. Все это вызывает раскол среди народа и духовенства. Не ограничившись церковной реформой и унификацией культа, Никон активно вмешивается в мирские дела, выдвигает тезис «священство выше царства», пытается поставить духовную власть патриарха выше светской власти царя. В довершение от своего «государева» имени начинает рассылать грамоты воеводам, вмешивается в работу приказов и в дела внешней политики. Так, он склонял Алексея Михайловича к прекращению войны с Польшей и началу борьбы со Швецией за выход к Балтийскому морю. Рост недовольства в придворных и церковных кругах самовластием Никона привел к разрыву между ним и царем. В июле 1658 г. Никон оставляет патриаршество и уезжает из Москвы в Новоиерусалимский Воскресенский монастырь. Властолюбивый патриарх надеялся, что царь не сможет без него обойтись и будет умолять его вернуться, но обманулся в своих расчетах. Безрезультатно прождав несколько лет, Никон 18 декабря 1664 г. самовольно возвращается в столицу и пытается вновь занять патриаршье место, однако терпит провал. Царь повелевает дьяку Приказа тайных дел Михайлову начать следствие по делу бывшего главы церкви, в котором лично принимает участие. Когда розыск по делу Никона, его связях в Москве и переписке с единомышленниками был завершен и в Приказе тайных дел оказалось достаточно материалов, изобличающих Никона, в 1666–1667 гг. был проведен церковный собор, на котором иерархи церкви хотя и подтвердили проведенные Никоном церковные реформы, но лишили его сана патриарха. Никон был сослан в Ферапонтов Белозерский монастырь. Усердие Михайлова в этом чрезвычайно важном для государя деле было оценено, и когда в 1672 г. он перестал ведать Приказом тайных дел, был пожалован в думные дьяки и переведен в приказ Большого Дворца, который возглавлял до 1677 г.