Не стоит забывать, что регулярная армия подчинялась лично царю и содержалась за счет государевой казны, поэтому все устремления «гвардейцев» были тесно увязаны с защитой интересов государя. К царствованию Алексея Михайловича уже сложились некоторые военные династии, зачинатели которых служили еще Рюриковичам, а продолжатели закалились в горниле Смутного времени. Капитаны полков нового строя в большинстве своем были уже не иностранцы, а русские. Это говорит о том, что курс патриарха Филарета на подготовку отечественных военных кадров путем регулярного обучения и обогащения передовыми достижениями иностранной военной мысли была продолжена и при его царственном внуке. Разумная («тихая») политика по формированию регулярных подразделений личного подчинения, укрепляя царскую власть, уменьшала возможность удельных раздоров и эгоистических притязаний, столь пагубных для единого государства.

В 1662 г. для управления территориями Левобережной Малороссии (Глухов, Киев, Нежин, Немиров, Новгород-Северский, Переяслав, Погар, Почеп, Ромны, Стародуб, Чернигов, Чигирин) был создан Малороссийский приказ. Он руководил приказно-воеводской системой управления Малороссии, контролировал деятельность гетмана войсковой или генеральной Рады, ведал материальным обеспечением русских воинских частей, строительством крепостей на территории Малороссии, через него осуществлялась финансирование Запорожского войска и православного духовенства. Кроме того, Малороссийский приказ собирал и передавал в Москву информацию о внешнеполитическом положении Украины, охранял ее пограничные интересы, ведал пленными и въездом в Россию. Приказ был подчинен Посольскому приказу, но имел собственное делопроизводство и штат. До 1667 г. возглавлял его боярин П. М. Салтыков, с 1668 г. – думный дворянин А. С. Матвеев, с февраля 1671 г. глава Посольского приказа.

«Москва имела на Украине сильную тайную агентуру в лице украинского православного духовенства, снабжавшего Московское правительство ценной информацией о положении в Польше и настроениях украинской казачьей старшины. Центр русской агентурной разведки на Украине находился в Киеве, в Киево-Печерской лавре. Наиболее деятельными и энергичными русскими агентами были митрополиты Иов Борецкий и Петр Могила, архимандрит Печерский Иннокентий Гизель и протопоп Переяславский Григорий Бутович, специально следивший за гетманом Выговским и его сторонником, митрополитом Дионисием, и другие.

Переписка с Москвой шла через Малороссийский приказ…».[114]

С 1663 г. к Приказу тайных дел перешла часть функций Приказа Большого дворца по управлению царским хозяйством, охране и обслуживанию царской семьи. Любое блюдо, прежде чем попасть на царский стол, подвергалось проверке и дегустации сотрудниками приказа. Аналогичной проверке подвергались лекарства, прописанные царю и изготовляемые в Аптекарском приказе, созданном еще при Борисе Годунове на основе Аптекарской палаты (учреждена в 1581 г.); первым дегустатором лекарств являлся царский лекарь. В 1657 г. Аптекарский двор из Московского Кремля был перенесен в другое место. В районе современного Петровского парка заложили Аптекарский огород, где под присмотром доверенных монастырских специалистов выращивались лечебные травы и растения для «пользования особы государя и лиц доверенных». На отдельных грядках культивировали растения для получения «особых зелий для дел государевых». Таким образом, огород был своего рода лабораторией по приготовлению наисовременнейших по тем временам лекарств и разнообразных ядов, использовавшихся на тайной государевой службе. Еще один подобный огород располагался в селе Измайловском.