В числе наиболее доверенных лиц Тишайшего был его «дядька» (воспитатель) – боярин Б. И. Морозов. О влиянии Морозова говорит тот факт, что его подпись под Соборным уложением 1649 г. – первая среди подписей вельмож и четырнадцатая по общему списку (после подписей государя, патриарха и двенадцати высших иерархов Церкви). В 1645–1648 гг. фактически он являлся главой правительства. Собирание «под рукой» Морозова важнейших приказов свидетельствует о его посвященности в большинство государственных секретов, за исключением, может быть, тайных дел самого государя. Когда в ходе Соляного бунта в июне 1648 г. восставшие потребовали выдачи Морозова, царь укрыл его в своем дворце, а затем отправил на четыре месяца в фиктивную ссылку в монастырь. Выдав стрельцам двойное денежное и хлебное жалованье, правительство раскололо ряды своих противников и получило возможность провести широкие репрессии по отношению к вожакам и наиболее активным участникам восстания, многие из которых были казнены уже 3 июля. В октябре Морозов вернулся в Москву.

С 1649 г. официальным главой правительства, руководителем приказов Большой казны, Стрелецкого, Иноземского, Аптекарского и созданного в этом же году Рейтарского приказа становится боярин И. Д. Милославский, тесть царя.

Уроки Смутного времени и восстания (бунты) 1648 г., охватившие Москву, Томск, Сольвычегодск, Устюг, а также 1650 г., вспыхнувшие во Пскове и Новгороде, позволили молодому самодержцу сделать вывод, что его личная безопасность неразрывно связана с безопасностью всего государства, им управляемого. Относясь с достаточным недоверием к боярской верхушке и продолжая традицию Ивана Грозного, Алексей Михайлович приближал к себе людей «худородных», определяя их на службу в личную канцелярию, в 1654 г. реорганизованную в Приказ тайных дел (Тайный приказ).

«Тайный приказ с самого начала, при первых Романовых, был наделен огромными полномочиями. Даже члены Боярской думы, то есть Государственного совета, употребляя позднейшее выражение, в этот приказ не входили и дел там не ведали. Он был, значит, вне контроля этого Московского государственного совета. Он был подчинен непосредственно самому царю, и чиновники его на деле имели больше власти, чем члены Боярской думы».[113]

Приказ находился в непосредственном подчинении государя и выполнял интегрированные функции контрольной, следственной, дипломатической, шифровальной, оперативной и охранной царской спецслужбы.

В 1656–1657 гг. были сформированы два «выборных» (отборных) солдатских полка иноземного строя – 1-й и 2-й Московские. Создаваемые в качестве элитных, они укомплектовывались обученными иноземному строю ветеранами Смоленского (1654) и Рижского (1656) походов – речь идет о русско-польской войне 1654–1667 гг., – а также «даточными людьми» из московских слобожан и стрелецких детей. Командирами полков стали полковники А. Шепелев и Я. Колюбакин.

Единообразных штатов воинских частей в то время еще не существовало: полки иноземного строя делились на роты и капральства, а стрелецкие – по-прежнему на сотни и десятки. В кавалерии создавались не только рейтарские и драгунские, но и слободские казачьи полки. К 1663 г. в полках нового строя служили свыше 75 тысяч человек. Такая «гвардия» обеспечивала царю независимость от притязаний Боярской думы, позволяла противопоставить возможным мятежам стрелецких полков, которые (полки) возглавлялись влиятельными боярами, и представляла централизованную военную силу – более мобильную, обученную по последнему слову тогдашней тактики и значительно лучше вооруженную.