Секретариат (Яков Михайлович Броверман).

Оперативное отделение (Александр Васильевич Миусов).

Следственная часть (Борис Семенович Павловский):

1‑е отделение (по шпионажу);

2‑е отделение (антисоветские формирования);

3‑е отделение (по руководству следственной работой на периферии).

1‑й отдел (майор ГБ Иван Иванович Москаленко; Генштаб Красной Армии, штабы фронтов, армий, разведорганы):

1‑е отделение (оперативное управление Генштаба РККА, штабы фронтов и армий);

2‑е отделение (все управления и отделы Генштаба, узел связи, управление кадров);

3‑е отделение (Главное разведывательное управление Генштаба, разведорганы фронтов и армий).

2‑й отдел (майор ГБ Александр Алексеевич Авсеевич; обслуживание ВВС, ВДВ и ПВО):

1‑е отделение (Штаб ВВС Красной Армии);

2‑е отделение (вооружение и тыл ВВС);

3‑е отделение (академии ВВС и руководство периферийной работой по частям ВВС);

4‑е отделение (ПВО);

5‑е отделение (воздушно-десантные войска).

3‑й отдел (майор ГБ Вячеслав Павлович Рогов; Главное автобронетанковое управление (ГАБУ), Главное артиллерийское управление (ГАУ) Красной Армии, танковые войска и артиллерия, гвардейские минометные части):

1‑е отделение (ГАБТУ Красной Армии, АБТУ фронтов и армий, танковые армии, танковые корпуса и бригады, НИИ танковый полигон);

2‑е отделение (Главное управление начальника артиллерии (ГУНАРТ) Красной Армии, Управление гвардейских минометных частей, артиллерийские управления фронтов, артотделы армий, артиллерия Резерва Главного командования, минометные части Красной Армии);

3‑е отделение (ГАУ Красной Армии).

4‑й отдел (майор ГБ Григорий Самойлович Болотин-Балясный; руководство агентурно-оперативной работой особорганов фронтов по родам войск: пехота, артиллерия, кавалерия, борьба с изменой, дезертирством, самострелами и заградительная служба):

1‑е отделение (обслуживало фронты: Карельский, Ленинградский, Волховский, Северо-Западный, Калининский; 7‑ю отдельную армию и резервную армию);

2‑е отделение (обслуживало фронты: Западный, Брянский, Юго-Западный, Южный и Северо-Кавказский);

3‑е отделение (по борьбе с изменой, дезертирством и самострелами, организация заградительной службы);

4‑е отделение (редакции военных газет, органы военной прокуратуры, военные трибуналы, Центральный дом Красной Армии (ЦДКА), Дома творчества Красной Армии (ДТКА), ансамбли, оркестры, военные академии).

5‑й отдел (майор ГБ Константин Павлович Прохоренко; Главное интендантское управление, Главное санитарное управление, Ветеринарное управление, Главное управление военных сообщений, Главвоенстрой, АХО, Квартирно-эксплуатационное управление, академии):

1‑е отделение (Главное интендантское управление, интендантские управления фронтов, интендантские отделы армий, АХО, Управление снабжения горючим, интендантские отделы армий);

2‑е отделение (Главное сануправление, Ветеринарное управление, фронтовые и окружные санслужба и ветслужба, органы Военного Сообщения (ВОСО), Главное автодорожное управление, Квартирно-эксплуатационное управление (КЭУ), Главвоенстрой, Военпроект, академии).

6‑й отдел (майор ГБ Семен Петрович Юхимович; войска НКВД):

1‑е отделение (пограничные войска и учебные заведения войск НКВД);

2‑е отделение (внутренние войска и войска охраны тыла фронтов);

3‑е отделение (железнодорожные, промышленные и конвойные войска);

4‑е отделение (органы военного снабжения войск НКВД).

7‑й отдел (А. Ф. Соловьев; оперативный учет):

1‑е отделение (действующий учет по управлению особых отделов, отчетность фронтовых особорганов, учет изменников Родины, шпионов, диверсантов, террористов, трусов, паникеров, дезертиров, самострельщиков и антисоветского элемента, особый учет изменников Родины, агентов разведки и лиц, скомпрометированных по показаниям последних);