Появившаяся на следующий день Директива НКВД СССР № 169 разъясняла, что «смысл преобразования органов третьего управления в Особые отделы с подчинением их НКВД заключается в том, чтобы повести беспощадную борьбу с шпионами, вредителями, диверсантами, дезертирами и всякого рода паникерами и дезорганизаторами». Руководство НКВД выражало уверенность, что работники Особых отделов оправдают доверие партии и «самоотверженной работой помогут Рабоче-Крестьянской Красной Армии укрепить дисциплину в ее рядах и разгромить врагов Родины»[9].

19 июля 1941 года начальником Управления Особых отделов НКВД СССР был назначен заместитель наркома внутренних дел СССР Виктор Семенович Абакумов.

Первым заместителем Абакумова был назначен бывший начальник Главного транспортного управления НКВД и 3‑го (секретно-политического) Управления НКГБ комиссар 3‑го ранга Соломон Рафаилович Мильштейн (служивший в Особом отделе Кавказской Красной Армии в 20‑е годы). Были назначены начальники Особых отделов:

Северного фронта – бывший начальник УНКГБ по Ленинграду и Ленинградской области комиссар ГБ 3‑го ранга Павел Тихонович Куприн;

Северо-Западного фронта – бывший начальник Особого отдела ГУГБ НКВД СССР в 1938–1941 годах, а в июне 1941 года прокурор СССР (по совместительству), генерал‑майор Виктор Михайлович Бочков;

Западного фронта – нарком государственной безопасности Белоруссии комиссар 3‑го ранга Лаврентий Фомич Цанава;

Юго-Западного фронта – бывший начальник 3‑го управления Наркомата обороны комиссар ГБ 3‑го ранга Анатолий Николаевич Михеев;

Южного фронта – бывший нарком НКГБ Молдавии комиссар ГБ 3‑го ранга Николай Степанович Сазыкин;

Резервного фронта – бывший начальник Третьего отдела НКВД комиссар ГБ 3‑го ранга Александр Михайлович Белянов.

В тот же день приказом № 00941 наркома НКВД СССР Лаврентия Берии для борьбы с дезертирами, шпионами и диверсантами предписывалось сформировать при Особых отделах дивизий и корпусов – стрелковые взводы, при Особых отделах армий – отдельные стрелковые роты, при Особых отделах фронтов – отдельные стрелковые батальоны с укомплектованием этих частей из войск НКВД[10].

Утвержденная 15 августа 1941 года структура центрального аппарата Управления Особых отделов НКВД СССР выглядела так:

Начальник и три заместителя;

Секретариат;

Оперативное отделение (гласный состав);

1‑й отдел – центральные органы Красной Армии (Генштаб, военная прокуратура, разведупр);

2‑й отдел – ВВС;

3‑й отдел – бронетанковые войска, артиллерия;

4‑й отдел – основные рода войск;

5‑й отдел – интендантская и санитарная служба;

6‑й отдел – войска НКВД;

7‑й отдел – оперативный розыск, учеты, мобработа;

8‑й отдел – шифровальная служба[11].

В августе – декабре 1941 года структура НКВД продолжала меняться и усложняться. В августе у начальника Управления Особых отделов появились еще два заместителя – дивизионный комиссар Федор Яковлевич Тутушкин и майор госбезопасности Николай Алексеевич Осетров, в октябре 1941 года заместителем начальника УОО стал Лаврентий Фомич Цанава.

Всего в августе 1941 года по штатам Управления Особых отделов (вместе со следственной частью, секретариатом, оперативным отделением, административно-хозяйственно-финансовым отделением) числилось 387 человек[12].

После передачи в январе 1942 года 3‑го управления НКВМФ в состав УОО был организован 9‑й отдел. К июню 1942 года структура УОО имела следующий вид.

Руководство (Виктор Семенович Абакумов, Соломон Рафаилович Мильштейн, Федор Яковлевич Тутушкин, Николай Алексеевич Осетров, Лаврентий Фомич Цанава).