Ночью 15 сентября в Таллинскую гавань под предлогом неисправности механизмов вошла подводная лодка «Орел». На самом деле причиной тому послужили признаки тифа, выявленные у командира лодки капитана 3 ранга Х. Клочковского. Однако, согласно международным правилам, только авария либо бедствие могли служить достаточным основанием для захода боевого корабля одной из воюющих сторон в порт нейтрального государства, позволяя при этом избежать интернирования. Клочковского немедленно поместили в госпиталь. На следующий день, несмотря на протест польской дипломатической миссии, эстонские власти, стремясь к неукоснительному соблюдению своего нейтралитета, объявили, что лодка будет интернирована. На борт поднялись жандармы и военные моряки, приступившие к разоружению судна. Были изъяты замки орудий, артиллерийские снаряды, часть торпедного боезапаса, навигационные приборы, карты и книги; выставлены эстонские часовые. Экипаж с этим решением не смирился и под руководством старшего помощника Яна Грудзинского и минера Анджея Пясецкого разработал план побега. В ночь с 17 на 18 сентября «Орел» вырвался из плена и скрылся в неизвестном направлении, имея на борту шесть торпед, которые эстонцы не успели выгрузить.

Скандал разразился грандиозный. В Таллине началось громкое расследование с поисками виновных. Берлинские газеты писали о замученных и утопленных коварными поляками эстонских часовых. Но больше всех за свое судоходство «перепугался» Советский Союз. Москва обвинила власти Эстонии в попустительстве бегству «Орла», а также объявила, что, по данным достоверных источников, в гаванях Балтийских стран, пользуясь тайной поддержкой правительственных кругов, скрываются не только польские, но и подводные лодки «других известных государств».

19 сентября Молотов заявил эстонскому посланнику Аугусту Рею, что СССР возлагает ответственность за происшествие на Эстонию и Красный Балтийский флот будет искать эту лодку по всему Финскому заливу. Тем самым была установлена морская блокада Эстонской республики, в ходе которой в ее территориальные воды неоднократно вторгались советские эсминцы, увлеченные охотой за подводными лодками и, видимо, с той же целью обстреливавшие побережье. Советская авиация в поисках укрывшихся субмарин совершала обширные полеты над территорией Эстонии. Эстонские военные получили приказ огонь по нарушителям ни в коем случае не открывать, а политики всячески демонстрировали лояльность и выражали удовлетворение действиями ни с кем вроде бы не воюющего Советского Союза «во ограждение безопасности своего судоходства».

«Здесь опасаются, – телеграфировал 21 сентября из Таллина итальянский посланник, – что под предлогом этого факта советские корабли больше не (именно не) покинут эстонские воды и установят строгую блокаду берега, что может стать подготовкой последующей оккупации страны. Демонстрация флота и осуществляемая концентрация пограничных войск служат цели окончательно убедить эстонское правительство в бессмысленности любого противодействия. Эстонский министр иностранных дел сказал мне, что оценивает положение как серьезное, но не думает, что существует опасность советской оккупации».