После смерти Тутанхамона Эйе недолго носил двойную корону фараонов Верхнего и Нижнего Египта. Он скончался на 4-м году правления. Его именем завершается XVIII династия – самая могущественная на всем протяжении многовековой истории Египта.
Эйе безуспешно пытался воскресить боевые традиции царей-воителей XVIII династии. При нем постоянная фараоновская титулатура вновь зазвучала воинственно, чего не наблюдалось в предшествующие царствования. Однако, помимо наименования «могучий силою, подавляющий северо-восток» и изображения в виде грозного стрелка из лука на колеснице, известия о воинских подвигах престарелого фараона отсутствуют. Эйе довершил начатое при Тутанхамоне украшение храма в Сульбе в Нубии, где были установлены два великолепных изваяния льва из розового гранита. В то же время Эйе совершил весьма неблаговидный поступок, присвоив себе две незаконченные статуи усопшего фараона.
Во время правления Эйе начались гонения на последователей Атона. Эхнатон был окончательно провозглашен еретиком. Но, невзирая на это, Хоремхеб, пытаясь уничтожить все следы монотеистического эксперимента, уничтожал картуши с именем самого Эйе так же, как и с именами Эхнатона или Сменхкара. Помимо того, была разрушена новая гробница Эйе, сооруженная по традиции Нового царства на западе Долины царей. Саркофаг Эйе был разбит на множество осколков; однако, крышка саркофага осталась нетронутой, и ее нашли в 1972 году.
Что интересно, царствование как Эйе, так и его предшественников, начиная с Аменхотепа IV, позже считалось в Египте незаконным, и имена этих царей не вносились в царские списки; память их была предана проклятию. В одном документе времени XIX династии, относящемся к области поземельных отношений, когда было необходимо подкрепить права ссылкой на давнее владение и царя-еретика, а следовательно и упомянуть его, мы встречаем вместо его имени наименование «враг из Телль-Амарны».
После Эйе престол занял Хоремхеб. В противостоянии Эйе – Хоренхеб победил, как это часто бывает, не хитрейший, а сильнейший. Хоренхеб был моложе, и намного, старого хитрого Эйе.
Этому талантливому полководцу, энергичному администратору и, очевидно, умному интригану удалось еще при Эйе частично восстановить влияние Египта в азиатских владениях. В дальнейшем он укрепил там свою власть и стабилизировал положение внутри страны. Его царствованием начинается новый период в истории Египта – правление ХГХ династии, при которой великая цивилизация, достигнув вершины своего развития, сначала медленно, а потом все быстрее и быстрее клонилась к упадку.
До сих пор не прекращаются споры о причинах таинственной смерти фараона. Тутанхамон не имел наследника (в гробнице были найдены крошечные мумии двух эмбрионов женского пола с признаками сколиоза – так и не родившиеся дети молодой пары, сейчас трудно сказать, почему Анхесенамон не смогла выносить их до положенного срока), и XVIII династия фактически пресеклась, когда престарелый Эйе сменил его на престоле. Поэтому первым подозреваемым в смерти фараона считается сам советник Эйе, приказавший поместить свое изображение в гробнице Тутанхамона. Это указывает на его претензии стать следующим фараоном, что и случилось. Стремясь закрепить права на престол, несмотря на свои далеко уже не молодые годы, он женился на юной вдове – царице Анхесенпамон, чему предшествовали не лишенные драматизма события.