Приготовления начались в марте 1798 г., и чтобы ввести Англию в заблуждение относительно настоящей их цели, распространялся слух о готовящейся высадке в Ирландию.

В состав экспедиции было назначено 24 тысячи пехоты и 4 тысячи кавалерии, 16 рот артиллерии и другие части, всего 32 300 человек, которые составляли пять дивизий. Для перевозки войск было приготовлено 309 судов общим водоизмещением 47 300 т. Для конвоирования экспедиции предназначалась эскадра под командованием адмирала Франсуа Поль де Брюэса из 55 судов (13 линейных кораблей, 6 фрегатов, 36 более мелких судов).

Англичане пытались точно установить, к чему готовятся французы в портах Тулона, Марселя, Генуи, Чивита-Веккья и некоторых других. Правительство Англии и адмиралтейство выдвигали ряд предположений относительно намерений противника. Думали, что он собирается захватить Сицилию. Не исключалось и нападение на Португалию. Обсуждалась возможность замышляемого им далекого похода в Вест-Индию с целью захвата находившихся там английских колоний. Очень вероятным представлялось, что Франция предпримет попытку послать флот и войска для высадки в Ирландию и совместно с ирландскими повстанцами нанесет удар по Англии. Наконец, страшно боялись, что экспедиция направится в Ла-Манш, соединится там с другими французскими кораблями, находящимися в Бресте, и войсками вторжения и обрушится на юго-восточное побережье Англии. Перебирали все эти варианты, отмечает адмирал У. Джеймс, «но никто… не подумал о Египте».

Получив известие о грандиозных приготовлениях французов в портах Средиземноморья, английский адмирал Д. Джервис 9 мая послал из Гибралтара к Тулону для разведки контр-адмирала Г. Нельсона с отрядом из трех линейных кораблей, двух фрегатов и корвета. 17 мая он был невдалеке от Тулона, но 19 мая у южного побережья Франции разразился сильный шторм. Это заставило англичан спуститься к берегам Сардинии, разъединив линейные корабли Г. Нельсона с его фрегатами. Так Нельсон остался без легких судов, без разведки.

Узнав о входе англичан в Средиземное море, Бонапарт торопился с выходом экспедиции и 19 мая с попутным ветром вышел из Тулона. В пути к ней присоединились отряды из Генуи, с Корсики и из Чивита-Веккьи.

31 мая Нельсон, будучи уже неподалеку от Тулона, получил сведения, что 12 дней назад, именно тогда, когда шторм отбросил английские корабли от берега, французский флот ушел из Тулона в неизвестном направлении. Куда двинулся генерал Бонапарт со своими 13 линейными кораблями и 300 транспортами, никто не знал. Подготовка Египетской экспедиции являет собой образец сохранения военной тайны.

Экспедиция 7 июня прошла Сицилию, а утром 9 го подошла к Мальте. Этот остров представлял собой важную морскую станцию на средиземноморских путях. Им владели мальтийские рыцари. Великим магистром ордена был русский император Павел I.

На следующий день на остров были высажены войска, а 12 июня Мальта и расположенные около нее небольшие острова Гоццо и Гомино капитулировали. Взятие Мальты было обставлено документально. Конвенция об уступке Мальты Франции, заключенная на острове при посредничестве Испании, подписана 12 июня 1798 г. (24 прериаля 6 го года).

Простояв четыре дня у Мальты, Египетская экспедиция 18 июня тронулась с попутным ветром в Египет. При благоприятном ветре французский флот шел прямо на восток. 30 июня французы пришли на вид острова Кандия, а 1 июля – к Александрии. Флот вошел в залив Марабу, и началась поспешная высадка войск. Бонапарт опасался, что появится английский флот. К вечеру 3 июля все войска были высажены.