Сегодня трудно понять, где здесь бесстрашие, а где наивность… Жаловаться Жданову на Берию! Считать, что их взгляды на советское правосудие чем-то отличаются! Думать, что Вышинский может бороться с беззаконием! Конечно, это обращение ничего не изменило ни в положении самих прокуроров, ни в отношении к органам прокуратуры со стороны властей.

Панкратьев продолжал оставаться на посту Прокурора Союза ССР, а НКВД по-прежнему вершило свои дела. Вот только некоторые факты. В начале 1940 года в Прокуратуру СССР поступило явно незаконное указание, подписанное заместителем Председателя СНК СССР Вышинским, предлагающее запретить судам по делам, расследованным органами госбезопасности, освобождать из-под стражи оправданных в суде граждан без согласия на это соответствующих начальников НКВД. А прокурорам запрещалось без их же согласия освобождать из-под стражи граждан, в отношении которых вынесены постановления о прекращении дел и освобождении обвиняемых из-под ареста. Таким образом, получалось, что органам НКВД фактически было предоставлено право контроля за работой прокуратуры и судов. Это указание было отменено только в мае 1953 года после смерти Сталина по представлению Прокуратуры СССР, несмотря на возражения Берии.

Необходимо заметить, что, по словам очевидцев, Панкратьев во время заседаний Особого совещания вначале пытался как-то защищать протесты прокуратуры и возражал Берии. Последний с присущей ему наглостью и бесцеремонностью, в присутствии работников НКВД и прокуратуры однажды так отчитал его, что после этого Панкратьев вообще перестал ходить на эти совещания. А вскоре последовало снятие Панкратьева с поста Прокурора СССР.

Но при Панкратьеве появилось пресловутое решение Политбюро ЦК ВКП(б) об освобождении арестованных за контрреволюционные преступления лиц только с согласия органов НКВД.

В своих воспоминаниях бывший Главный военный прокурор Н. П. Афанасьев так рассказывает об этом. В начале 1940 года к нему, бывшему тогда заместителем Главного военного прокурора, попало заявление члена Военного совета Ленинградского военного округа Магера, арестованного за причастность к заговору Тухачевского и других военачальников. Он писал о том, что незаконно арестован, подвергается избиениям и издевательствам. Изучив дело и допросив Магера, Афанасьев выяснил, что лица, занимавшиеся им, сами арестованы за фальсификацию материалов следствия.

Тогда он предложил допросить следователя об обстоятельствах ареста Магера. Тот признался, что никаких оснований для ареста не было и что на допросах Магера избивали, наказывали стойками, не давали спать.

Афанасьев вынес постановление о прекращении дела Магера за отсутствием в его действиях состава преступления. С этим он и пошел к Панкратьеву. Тот с постановлением согласился и попросил оставить дело для изучения. Через несколько дней он вернул дело Афанасьеву, сказав при этом: «А вы что, боитесь ответственности? Зачем тут мое утверждение. Решали же вы до сих пор дела – решайте и это».

Афанасьев попытался было объяснить, что дело Магера наверняка дойдет до ЦК партии. «Ну и что? – заявил Панкратьев. – Вот тогда, если будет нужно, мы пойдем вместе в ЦК и докажем, что Магер не виноват. А сейчас давайте кончайте дело сами».

Магер был освобожден из тюрьмы. Однако, когда он явился в Наркомат обороны, а затем в ЦК партии для решения вопроса о трудоустройстве, его дело снова завертелось. Афанасьева вызвал к себе нарком внутренних дел Берия.

«Как только я вошел, – пишет Н. П. Афанасьев, – Берия стал спрашивать, на каком основании и почему я освободил из тюрьмы Магера и прекратил о нем дело. Я объяснил.