Жил он очень замкнуто, не любил ходить ни в театры, ни в гости.

20 мая 1938 года Панкратьев был назначен Прокурором РСФСР и проработал на этой должности в течение года. Он ревностно выполнял все директивы партии и правительства, а также указания и распоряжения Прокурора Союза ССР Вышинского. Последний рекомендовал его на свое место после того, как стал заместителем Председателя Совнаркома СССР. Правда, особого выбора у него и не было – после основательных и жестоких сталинских чисток кадры органов прокуратуры серьезно оскудели.

31 мая 1939 года Панкратьев занял кабинет Прокурора Союза ССР в здании на Пушкинской улице. На высоком посту он пробыл немногим более года. Первая жена Панкратьева, Ольга Сергеевна, рассказывала:

«Михаила назначили на эту должность в страшное время. Шли аресты и расстрелы людей, занимавших высокие посты. Телефон в нашей квартире на Ленинском проспекте звонил, не умолкая, хоть совсем его срезай, да нельзя. По сто раз на дню: «Помогите с Михаилом Ивановичем встретиться, умоляю!» Мне было запрещено отвечать, и я молча вешала трубку. Все равно повлиять на мужа никак не могла. Бакинский прокурор, с которым когда-то жили в одном доме, был арестован. Его жена все время искала со мной встречи. Я жалела ее, рассказывала мужу, как она убивается, спрашивала, можно ли ей помочь. Михаил закрыл эту тему раз и навсегда. Говорить дома о его работе было запрещено… С какого-то времени Михаил стал просить, чтобы в доме был коньяк, чтоб, когда он придет с работы, бутылка стояла. Так всю ночь, бывало, за бутылкой и просидит.

А когда я забывала поставить, сердился: «Ты пойми, Оля, мне хоть рюмочку, но обязательно надо выпить».

Сколько санкций на арест и расстрел ему приходилось подписывать! Неимоверное количество! Он много подписывал, но и на пересмотр много отсылал. Не терпел никакой неясности. Когда его секретарь спрашивала, что делать с неподписанными доносами и жалобами, которые шли мешками, орал: «Рвать не читая!» Анонимки приводили мужа в ярость, его трясло. А как еще прикажете реагировать, когда от твоей подписи зависят столько жизней? У него голова шла кругом».

Выступая на Всесоюзной конференции лучших следователей, Панкратьев говорил: «Живя в капиталистическом окружении, чувствуя и осязая это окружение, мы должны всегда иметь в виду, что враг оружия не сложил. Он только меняет формы и методы борьбы. Естественно, что наши органы следствия, призванные прежде всего к борьбе с вражеской работой, не могут, не имеют права застывать как в смысле своей политической подготовки, так и в смысле профессиональных знаний и опыта. Наши следственные органы должны быть остро отточенным оружием, крепко закаленным, метко разящим. Наши следователи должны быть всесторонне политически подготовленными овладеть марксистско-ленинской теорией, хорошо знать советское право и в совершенстве усвоить методику, технику и тактику расследования преступлений». Что он мог еще тогда сказать?

29 ноября 1939 года Панкратьев и нарком юстиции СССР Рычков подписали приказ о возбуждении уголовных дел по всем фактам массового истребления колхозниками и единоличниками скота, находящегося в их личном пользовании. Такие случаи стали распространяться в Дагестане, Башкирии и некоторых других регионах под влиянием слухов о готовящемся будто бы постановлении, ограничивающем содержание поголовья скота в личном пользовании. Суду стали предаваться не только лица, допустившие хищнический убой высокопородного, племенного скота, но и подстрекатели. Колебаний в проведении линии партии Панкратьев по-прежнему не допускал.