Один из ближайших сотрудников Замятнина, Д. Б. Бэр, вспоминал: «Всему ведомству (Министерству юстиции. – В. Ш.) уже давно была известна в высшей степени гуманная, симпатичная личность нового начальника. С полным к нему доверием ведомство принялось готовиться к предстоящей судебной реформе. Всегда спокойный, хладнокровный, чуждый мелочного самолюбия, он требовал серьезного отношения к делу… Исполнитель, которому поручена была какая-либо работа, был уверен, что, придя к своему начальнику, он будет выслушан им без малейшей тени неудовольствия и досады, хотя бы он представлял свои соображения о невозможности исполнить отданное приказание. Каждое малейшее сомнение обсуждалось, подвергалось строгой критике, весьма часто коллегиально, и дело от таких приемов выигрывало; притом же начальник этим путем узнавал своих подчиненных. Это было не нерешительностью, а, напротив, желанием отыскать правду, наилучшим образом осуществить ее и поставить дело на законную твердую почву».
Замятнин сгруппировал около себя целую когорту деятелей, преданных началам новой судебной реформы. Первую скрипку среди них играл товарищ министра юстиции Н. И. Стояновский, «заложивший один из первых камней судебной реформы еще в должности статс-секретаря Государственного совета». Среди ближайших сотрудников Замятнина по Министерству юстиции были директор департамента министерства барон Е. Е. Врангель, вице-директор Б. Н. Хвостов, начальник законодательного отделения Н. Н. Шрейбер, старший юрисконсульт Д. Г. фон Дервиз, начальник гражданского отделения О. В. Эссен, юрисконсульт Г. К. Репинский, правитель канцелярии министра юстиции Д. Б. Бэр и другие. Подбор необходимого персонала исполнителей Замятнин считал важнейшим элементом подготовки реформы. В докладе царю в 1863 году он писал: «На обязанности Министерства юстиции лежит изыскание контингента лиц, преданных началам, вложенным в разрабатываемые новые уставы, которым можно было бы вручить осуществление великой реформы».
Но одновременно с подбором сотрудников Замятнин «расчищал поле» для будущей реформы: он упростил делопроизводство и повысил эффективность работы аппарата министерства, благодаря чему резко сократилось количество нерешенных дел, ведомственный механизм стал работать без резких перегрузок и сбоев. При Замятнине произошло важное событие, выходящее по своему значению далеко за рамки министерской «новации»: Указом 17 апреля 1863 года в России отменялись жестокие телесные наказания – плети, шпицрутены, наложение клейм и штемпелей.
Подготовка судебной реформы продвигалась с необычайной быстротой. В октябре 1861 года Александр II повелел предварительно выработать «Основные положения» судебной реформы. Менее чем через год Государственный совет уже рассмотрел «Основные преобразования судебной части в России», утвержденные царем 29 сентября и ставшие фундаментом будущего судебного законодательства. Тогда же была образована при Государственной канцелярии под председательством В. П. Буткова комиссия для составления проектов судоустройства и судопроизводства согласно «Основным положениям». Следует подчеркнуть, что эти положения были опубликованы для всеобщего сведения: комиссия Буткова специально обратилась к судебным и административным деятелям и профессорам, а через периодические издания и ко всему обществу с просьбой оказать содействие своими замечаниями. На приглашение комиссии откликнулось 448 лиц, замечания которых составили шесть томов. Это был первый опыт обращения к общественности за содействием. Замечания вместе с иностранными законодательствами и теоретическими исследованиями послужили материалом, над которым работала комиссия. Через год с небольшим ее проекты были внесены в Государственный совет.