А. Ф. Шафонский писал: Наше намерение единственно способствовать пользе народной, по оному мы и описываем сию болезнь так, чтобы оную и непросвященные науками поняли от прочих болезней отличить и в недостатке врачей и сами себя врачевать могли. Находясь в самом очаге эпидемии, он хорошо изучил болезнь, ее проявление и течение, создал стройную систему научных представлений о чуме, о путях ее распространения, клиническом течении, о мерах борьбы с эпидемией.

Работая в госпиталях для больных, А. Ф. Шафонский убедился, что старые представления о чуме не верны. Заражение бубонной чумой происходит не воздушным миазматическим путем, как полагало большинство современных ему врачей, а через контакт с больным или инфицированными вещами. «Когда здоровый прикоснется к больному или к вещам, какие употреблялись около больного, то от прикосновения и в здоровом окажется такая же болезнь, какою страдает больной.

Болезнь поэтому называется прилипчивой или заразительной».

Этот взгляд позволил ему опровергнуть учение о чуме как о бедствии, от которого нет спасения. Он убедился, что самое главное в борьбе с чумой – изолировать больных и избегать соприкосновения с ними. Много внимания уделил А. Ф. Шафонский мерам личной гигиене. Он рекомендовал часто обмывать свое тело холодной водой с уксусом, не выходить на улицу с пустым желудком, употреблять более кислую пищу, курить табак, умеренно пить вино, помещения окуривать можжевельником или другими окуривающими средствами, предложенными комиссией. «Лучше же всего удалиться от общения с зараженными и местами, где зараза. В домах, в целых городах выход из опасного места так же, как и вход, запрещать. Всякий житель должен на это время запастись всем необходимым. Если кто заразится, то его надо тотчас же отделить от других, все около него сжечь, здоровым обмыться, пропотеть и надеть чистое белье. Больных поместить в больницу, где за ними должны ухаживать охотники. Кошек и собак нужно или убивать, или запирать».

«Опытами установлено, что язва не у всех людей и в одно время вызывает болезнь. Чтобы предупредить ее распространение, надо сомнительных людей отделить от других, пока пройдет то время, когда язва проявится. Так как не всякий будет выполнять это, то правительство учредило особые дома, куда эти люди и их вещи на время заключаются. Эти дома называются предохранительными или карантинами (от французского слова «карант» – сорок, по числу дней нахождения в карантинных домах)».

Из-за неправильной работы организации карантинов – людей держали там 40 дней без ухода и достаточного питания – карантинов боялись не меньше, чем чумы. По предложению А. Ф. Шафонского, карантины должны были устраиваться в сухом, немноголюдном месте, в специальных помещениях, чтобы люди располагались небольшими группами и совершенно изолированно друг от друга; режим и уход должен быть, как в больнице.

Карантинные дома, по мнению А. Ф. Шафонского, должны были быть разных категорий: 1) для соприкасавшихся с больными; 2) для выздоравливающих; 3) для приезжающих из заразных мест. Указания врача имели большое значение, так как существовали неверные и часто нелепые представления о чуме и способах борьбы с ней, которые в то время были распространены даже среди врачей. Так, например, многие считали, что чумные миазмы находятся в воздухе, предлагали для очищения воздуха от заразных паров вырубать все деревья в городах и сотрясать воздух выстрелами из пушек и звоном колоколов.

Труд А. Ф. Шафонского «Описание моровой чумы…» – первое научное изданием о чуме, основанное на личных наблюдениях и опытах ученого.