В дальнейшем в столице продолжали вести санитарную обработку фабрик, «очищение» и «окуривание» Москвы. Контроль за всей работой проводили доктора А. Ф. Шафонский, Г. М. Орреус. Так, благодаря государственной поддержке, контролю, финансированию, удалось одержать победу над смертельно опасной болезнью – чумой.

Огромная заслуга в этом принадлежит самоотверженному, готовому жертвовать собой ради людей всему медицинскому персоналу, особенно доктору А. Ф. Шафонскому и лекарю Д. С. Самойловичу.

Афанасий Филимонович Шафонский (1740–1811) был первым, кто распознал чуму и предупредил об опасности, грозившей Москве. Когда в ноябре 1770 г. в жилом доме служащих Московского генерального госпиталя заболело несколько человек, А. Ф. Шафонский, в то время старший доктор этого госпиталя, заметил, что у заболевших на теле имелись особые знаки, которых не было у других больных. До этого все служители госпиталя, жившие в одном доме, были здоровы, а затем стали занемогать друг за другом.

А. Ф. Шафонский заподозрил чуму и потребовал принять меры предосторожности. Сам он остался в госпитале, чтобы лечить больных, госпиталь был оцеплен. И хотя скоро заболевания прекратились, но из 27 заболевших 5 выздоровели, а остальные умерли. Боясь гнева начальства за то, что допустили появление эпидемии в Москве, московский городской врач Риндер отказался признать в появившейся болезни чуму. Он заявил, что болезнь в госпитале была простой «горячкой». Проведение предупредительных мер прекратилось, они не были приняты вовремя из-за разногласия врачей по поводу этого заболевания. Таким образом, моровая язва, или черная смерть, смогла беспрепятственно распространиться по Москве, и эпидемия чумы приняла угрожающий характер. Позже, наученная горьким опытом московской чумы, Екатерина II, по рекомендациям медиков, усилит мероприятия по борьбе с эпидемиями. Будут организованы карантины – для прибывающих из зараженных районов они составляли 40 дней. Будет осуществляться изоляция «подозрительных» и госпитализация заболевших в специальные «опасные больницы», устроенные в монастырях. Станут проводиться обеззараживание путем сжигания, выветривание, окуривание можжевельником или порохом. Бумаги будут пропускаться через огонь или несколько раз погружаться в уксус; покойные – закапываться на большую глубину, а все, кто их хоронил, должны будут облачаться в длинные накидки, впоследствии сжигавшиеся. И в армии поголовно установили телесный осмотр, за каждого вылеченного солдата медики поощрялись, а оправившиеся от болезни солдаты получали усиленное питание. Но это было позже…

А пока в срочном порядке только начиналась организация карантинов и госпиталей для больных. А. Ф. Шафонский вместе с другими русскими медиками добровольно остался работать в них. Он постоянно рисковал своей жизнью: с одной стороны, ему грозила опасность заражения чумой, с другой – народ, возмущенный недостаточно умелыми действиями московских властей, вымещал свое недовольство на врачей. Так, доктор чуть не стал жертвой разъяренных жителей Лефортовской слободы. С большим опозданием в Москве была учреждена специальная «Комиссия для предохранения и врачевания от моровой заразительной язвы», и первым в ее составе был А. Ф. Шафонский. Именно ему, по Указу Екатерины Великой, поручалось собрать все сведения о моровой язве и напечатать их.

И это неслучайно. А. Ф. Шафонский был образованнейшим человеком своего времени. Наряду с дипломом доктора медицины, полученным в Страсбургском университете, он окончил Галльский и Лейденский университеты, и вернулся в Россию с тремя дипломами – доктора правоведения, философии и медицины. Его выдающиеся способности, редкое трудолюбие, добросовестность, чувство долга выдвинули А. Ф. Шафонского в число знаменитых людей XVIII века. Он стал одним из первых теоретиков в российской эпидемиологии. После ликвидации эпидемии чумы в Москве он написал капитальную монографию «Описание моровой язвы, бывшей в столичном городе Москве с 1770 по 1772 гг., с приложением всех для прекращения оной тогда установленных учреждений» с посвящением императрице Екатерины II. Эта книга представляет исключительный интерес. В ней А. Ф. Шафонский обобщил свой огромный опыт борьбы с чумой: подробно описал историю московской чумы, приложил к трактату различную документацию, связанную с эпидемией: указы, постановления, распоряжения, протоколы врачебных совещаний, особое мнение отдельных врачей, составы обеззараживающих средств и способы обеззараживания, правила изоляции и осмотра, содержание просветительских листков, сметы и счета отдельных учреждений.