В начале 1990-х гг. произошло ослабление функций, присущих экономическому районированию: политической, направленной на укрепление целостности государства, производственной и социальной, нацеленной на создание эффективного хозяйственного комплекса, и организационной, обеспечивающей управление и разработку стратегии регионального развития. Резкое усиление дезинтеграционных процессов, проявившихся в эти годы, обусловили необходимость реформирования отношений и между регионами и с федеральным центром.

В этот период наблюдался процесс создания ассоциаций экономического взаимодействия, территории которых частично совпали с крупными экономическими районами, хотя прослеживалась тенденция укрупнения макрорегиронов. Было организовано восемь межрегиональных ассоциаций («Центральная Россия», «Северо-Запад», «Черноземье», «Большая Волга», «Северный Кавказ», «Большой Урал», «Сибирское согласие», «Дальний Восток и Забайкалье»), состав которых постоянно менялся, отдельные субъекты входили в две ассоциации, а количество регионов входящих в эти объединения колебалось от девяти («Большой Урал») до 19 («Сибирское соглашение»). Они несколько снизили сложившуюся социально-экономическую асимметрию, но не сняли ее.

Следующим шагом стало образование федеральных округов. Новая форма управления территорией, способствующая усилению государственного регулирования социально-экономическим развитием регионов страны, была закреплена указами Президента РФ. В 2000 году было создано семь федеральных округов: Центральный, Северо-Западный, Южный, Приволжский, Уральский, Сибирский и Дальневосточный. В 2010 году из Южного федерального округа был выделен Северо-Кавказский, а в 2014 г., после вхождения Крыма в состав России, был образован Крымский федеральный округ, куда вошли Республика Крым и город федерального значения Севастополь, который в июле 2016 г. был включен в Южный федеральный округ. В настоящее время на территории России действуют восемь федеральных округов.

Федеральный округ является крупным территориальным социально-экономическим образованием, представляющим собой мощный хозяйственный комплекс, где отрасли рыночной специализации сочетаются с обслуживающими отраслями, производственной и социальной инфраструктурой, руководство которого законодательно наделено определенными полномочиями и функциями, делегированными им Президентом РФ.

Система районов строится на основе соответствующих видов районирования – деления страны на территориальные части с соблюдением требования отражения их специфики и единства. В фундаментальных исследованиях по экономическому районированию такой метод рассматривается как частный случай пространственной структуризации – таксонирования.

Таксонирование – процесс членения территории на сопоставимые или иерархически соподчиненные таксоны, включающий определение классов и типов таксонов, их идентификацию (выделение таксонов), делимитацию (их оконтуривание) и установление отношений между ними. Причем каждый вариант территориального деления, если он отвечает поставленным задачам и построен на правильно отобранных критериях с использованием достоверной информации, будет объективным.

В настоящее время в стране действует трехзвенная таксономия (система) экономических районов.

1. Макрорегионы – крупномасштабные группы административных и национальных образований, которые представлены восемью федеральными округами, возглавляемыми полномочными представителями Президента РФ и осуществляющими государственное территориальное управление на федеральном (межрегиональном) уровне. К ним относят и 11 крупных экономических районов, не имеющих административных функций и используемых для определения территориальных пропорций в развитии национального хозяйственного комплекса, являющихся научной основой преобразования территориального устройства страны. Они обладают широким кругом профилирующих и других взаимосвязанных отраслей и производств и наиболее полно выражают хозяйственный комплекс в системе экономического районирования.