Кроме того, существующая схема разграничения полномочий не способствует уменьшению чрезмерных диспропорций в уровне социально-экономического развития регионов России, что усугубляет демографические проблемы, связанные с низкой плотностью населения в ряде субъектов Российской Федерации, в том числе в некоторых регионах Сибири и Дальнего Востока.
За субъектами Федерации закреплен слишком большой объем расходных обязательств, в частности, в социальной сфере, не подкрепленный соответствующим финансированием.
Дисбалансы в бюджетной обеспеченности полномочий субъектов Российской Федерации, приведшие к неполному либо ненадлежащему исполнению государственными органами субъектов Российской Федерации их полномочий, сохранению огромных диспропорций в социально-экономическом развитии субъектов Федерации, значительной задолженности субъектов Федерации перед коммерческими банками, достигли уровня, делающего объективно необходимым существенное совершенствование федеративных отношений в сфере межбюджетных и налоговых отношений.
Объединение субъектов Российской Федерации, осуществленное в период с марта 2004 г. по март 2008 г., имело целью оптимизировать систему государственного управления и создать условия для успешного развития территорий и более качественного исполнения обязанностей государства перед гражданами. В результате объединительных процессов субъектов Федерации, в которых участвовало 11 субъектов, было образовано пять новых объединенных субъектов Российской Федерации (Забайкальский край, Камчатский край, Красноярский край, Пермский край, Иркутская область) а общее число субъектов Российской Федерации к середине 2008 г. уменьшилось с 89 до 83.
В 2014 году, с принятием в Российскую Федерацию Республики Крым и города федерального значения Севастополя, число субъектов Российской Федерации увеличилось до 85.
В наши дни процесс совершенствования федеративного устройства в России продолжается в условиях финансово-экономических, в том числе бюджетных ограничений, значительно выросших осенью 2014 г., затрудняющих решение проблем в области отношения Российской Федерации с субъектами Российской Федерации, в том числе связанных с дисбалансами между объемами полномочий, ресурсов и ответственности органов власти всех уровней.
Наиболее острые проблемы в сфере федеративного устройства Российской Федерации следующие.
1. Чрезмерные дисбалансы в уровнях социально-экономического развития субъектов Российской Федерации. Существующие организационно-правовые механизмы в бюджетно-финансовой сфере на федеральном уровне в недостаточной мере способствуют решению проблемы финансовой недостаточности бюджетов субъектов Российской Федерации, что негативно влияет на всю систему федеративных отношений.
2. Недостатки организационно-правового механизма учета мнения органов государственной власти субъектов Российской Федерации по рассматриваемым в Государственной Думе проектам федеральных законов по предметам совместного ведения, закрепленного в ст. 25 Федерального закона от 06.10.1999 № 184-ФЗ «Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации». Эти недостатки проявляются в непрозрачности учета мнения органов государственной власти субъектов Российской Федерации и возможности не учитывать позиции органов государственной власти субъектов Российской Федерации по законопроектам по предметам совместного ведения.
3. Прямая зависимость состояния федеративного устройства и федеративных отношений от общих проблем государственного управления, обусловленных организационными, функциональными и другими особенностями системы федеральных органов государственной власти (в том числе Правительства РФ). В частности, существенный негативный вклад в состояние федеративных отношений вносит недостаточно эффективное функционирование федеральных контрольных (надзорных) органов, результаты деятельности которых слабо влияют на корректировку принятых ранее решений, а также проблемы в организации научно-экспертного сопровождения разработки и принятия проектов управленческих решений.