Глинистые и песчано-суглинистые мерзлотные почвы, широко распространенные в бассейне Лены, формируются в специфических условиях криолитозоны, отличаются непромывным водным режимом и низкими температурами. Попадая в почву, нефтепродукты агрегируют почвенные частицы, нарушая пористость и плотность, что ведет к изменению аэрации, нарушению температурного и водного режима почвы. Нефтяные базы на берегах Лены, Колымы, Индигирки, склады и базы ГСМ ГП «Якутнефтепродукт» расположены в пределах водоохранных зон рек, т. е. в непосредственной близости от уреза воды, так как завоз ГСМ продолжается по воде. В морпорту Тикси ситуация аналогичная. Эти объекты были построены в советский период, в удобных для разгрузки местах, чтобы производить оперативную разгрузку нефтеналивных танкеров в расположенные рядом емкости. Вопросы охраны экосистем занимали второстепенное место. Авария с Ленской нефтебазой, убедительно показала необходимость выноса за пределы водоохранных зон рек объектов, опасных для природных экосистем.

Экологическая катастрофа, произошедшая летом 2018 г. в бассейне Вилюя в результате прорыва хвостохранилищ алмазодобывающих предприятий, оказала влияние и на водные экосистемы устья Лены. Анализ состава зоопланктона и бентоса в районе о. Тит-Ары, а также в устьевом створе р. Лены в районе о. Столб в начале октября, показывает неудовлетворительное состояние среды обитания, что подтверждается низкими показателями беспозвоночных. Численность зоопланктона по сравнению со среднегодовыми показателями была ниже в 2 раза, бентоса в 3 раза. Изменился химический состав и цвет и свойства воды. Планы развития и восстановления поселка Тикси, как форпоста Центрального сектора Арктики предполагают решение проблем водоснабжения.

Проблема чистой воды – одна из актуальных экологических проблем, развивающаяся на фоне изменения климата и негативного воздействия хозяйственной деятельности человека на окружающую среду. Силами Тиксигидромета проводится изучение современного состояния экосистемы питьевого озера Мелкого (Дьара), расположенного в 3 км севернее п. Тикси. Оно находится в котловине, окруженной отрогами Приморского кряжа. С юго-запада бассейн ограждают сопки с высотами до 322 м над уровнем моря (г. Столовая), с севера – горы Заря – Тас. Северо-восточная часть бассейна выположена, представляет собой болотистую, травянистую тундру.

В 1943 г. на озере Мелком была построена водозадерживающая дамба, т. е. озеро Мелкое превратилось в водохранилище. С целью улучшения водоснабжения п. Тикси в 1953–54 гг. были проведены изыскания и была реконструирована плотина. Длина водохранилища, образовавшегося при этом, возросла до 1100 м, ширина 600 м. При уровне 32,5 м площадь зеркала озера возросла до 473 × 10^>3 м^>2, объём составил 1,33 × 10^>6 м^>3. Площадь водосбора 4,0 км^>2. В результате дальнейшего возрастания числа водопотребителей п. Тикси назрела необходимость увеличения полезного объёма водохранилища. В 1966 году проведены изыскания, на основании которых водохранилище было реконструировано, а именно, построена новая плотина на 240 м ниже старой плотины. Таким образом, площадь водосбора увеличилась до 7,5 км^>2 за счёт водосбора р. Северная Булунканка. От озера до пос. Тикси-3 в 2016 г. проложен новый водовод, длиной 5 км, построена новая водонасосная станция, запланирована новая реконструкция дамбы.

Наблюдения за качеством воды включают определения химического состава, биомасса и численность фито и зоопланктона, донной фауны. Если построить в больших городах, особенно в Якутске современные очистные сооружения, предотвратить загрязнение экосистемы Вилюя со стороны алмазодобывающих предприятий, водная экосистема реки Лена восстановится.