18 мая 1981 года, через пять дней после операции, в отделении интенсивной терапии больницы Джемелли папа отпраздновал свой шестьдесят первый день рождения. 3 июня он наконец покинул лечебное учреждение. Из-за многочисленных переливаний крови он заполучил цитомегаловирус (лат. Cytomegalovirus, CMV), возникла раневая инфекция послеоперационного рубца. И уже 20 июня ему пришлось вернуться в больницу. После экстренной операции, при которой стул попадает в брюшную полость, появление раневой инфекции – не редкость. Это приводит к тому, что брюшная стенка плохо заживает, вследствие чего, спустя довольно большой промежуток времени, может сформироваться грыжа послеоперационного рубца, которую снова придется оперировать. Даже папу римского не миновала эта участь. Перитонит, однако, прошел довольно безболезненно, и Войтыла хотел как можно скорее избавиться от стомы. Не прошло и десяти недель после нападения, как 5 августа Кручитти, во время короткой 45-минутной операции, воссоединил два конца толстого кишечника, и через девять дней папа смог вернуться домой.

Папамобиль был оснащен пуленепробиваемой стеклянной кабиной. Агджа, который позднее стал утверждать, что он ни много ни мало Иисус Христос, провел девятнадцать лет в итальянской тюрьме, где Кароль Войтыла его неоднократно навещал. Затем он отбывал наказание еще десять лет, но уже в турецкой тюрьме. В 2010 году он вышел на свободу. Белая с кровавыми пятнами футболка швейцарской марки нижнего белья Hanro, которая была на Иоанне Павле II во время нападения, хранится как реликвия в часовне сестер конгрегации Дочерей Божьей Любви в Риме. Сальгарелло и его коллеги были удостоены от Ватикана высшей награды – ордена Святого Григория Великого.

В конце 1993 года папа упал с лестницы, вывихнув при этом плечо. В 1994 году он поскользнулся в ванной и сломал бедро. Его прооперировали и поставили протез тазобедренного сустава. В 1995 году было спланировано еще одно покушение на папу, на этот раз Аль-Каидой на Филиппинах. Однако и этот преступный замысел ждала неудача. В 1996 году папу с подозрением на аппендицит положили в больницу, где и прооперировали.

Папа уже был стар, но чувства юмора не утратил. Вскоре после операции по замене тазобедренного сустава эндопротезом, когда папа с искаженным от боли лицом силился подняться из своего кресла после одного из публичных выступлений, он с блестящим остроумием процитировал Галилео Галилея, сказав: «Eppure, si muove!» (И все-таки он вертится!)

Ухудшение здоровья пожилого папы тщательно документировалось средствами массовой информации. В 2005 году ему, уже страдавшему деменцией, поставили трахеостому (искусственное дыхательное горло), потому что он больше не мог как следует откашливаться. Месяц спустя Иоанн Павел II умер от инфекции мочевых путей. Он, несомненно, был самым часто оперируемым папой всех времен. В 2014 году Иоанна Павла II причислили к лику святых.

Пулю, которая пронзила живот папы и, благодаря Марии, не задела крупные кровеносные сосуды, он с большой признательностью за чудесное вмешательство Пресвятой Девы принес в дар городу Фатима в Португалии. Теперь эту пулю можно видеть в короне Фатимской статуи Марии, где она словно дамоклов меч висит над ее головой.

В «Истории» Геродота, одной из самых захватывающих книг всех времен, написанной около 2400 лет назад, повествуется о событии, которое случилось столетие назад от того момента. Это рассказ о 33-летнем мужчине, который упал с лошади во время охоты, из-за чего у него произошла