В докладах и обсуждениях приводились примеры того, как связи с экуменистами расшатывают традиции, подрывают уровень духовности. Указывалось на «близкое сродство экуменической деятельности с другими современными нецерковными, политическими, иногда тайными международными движениями» (имеется в виду масонство). В резолюции совещания однозначно определялось, что «целеустремление экуменического движения, выразившееся в образовании ВСЦ, с последующей задачей организации «экуменической церкви», не соответствует идеалу христианства и задачам Церкви Христовой». Также совещание осудило Ватикан за подрывные операции в отношении Православия, осудило унию как орудие экспансии папизма [33]. Оно утвердило сохранение прежней пасхалии. Московская Патриархия стояла и за сохранение «старого», юлианского церковного календаря, но часть Церквей, участвующих в совещании, уже перешла на «новоюлианский», обострять разногласия не стали.
Впрочем, отказ от участия в экуменическом движении вовсе не означал, что Русская Церковь отстранилась от международной деятельности. Главным организатором Совещания глав и представителей Православных Церквей в Москве был митрополит Николай (Ярушевич). Он возглавил вновь созданный Отдел внешних сношений Московского Патриархата. В новом качестве ездил с церковными миссиями за границу, вошел в состав Советского комитета защиты мира и Всемирного совета мира, выступал на конгрессах. За миротворческую деятельность он был награжден орденом Трудового Красного Знамени. Одновременно владыка Николай возглавлял издательский отдел Патриархии.
И все же советская «церковная политика» в 1948–1949 годах стала меняться не в лучшую сторону. Иногда это связывают с тем, что Патриархию не получилось сделать Вселенской, и Сталин охладел к ней. Но такой взгляд выглядит упрощенным и неверным. Перемены начались раньше, до неудачи с «Всеправославным Собором». И связаны они как раз с той двойственностью, которую создал Сталин в Советском государстве. С одной стороны, деятельность Церкви разрешалась и поддерживалась. С другой, никто не отменял господство богоборческой марксистско-ленинской идеологии. В такой ситуации поощрение Церкви опиралось только на личное могущество Сталина. Но оно было далеко не безграничным. Его здоровье ухудшилось, осенью 1945 года он перенес инсульт. Он прекратил появляться на публике, его жизнь стала замыкаться в кремлевских апартаментах и на даче, и постоянный доступ к нему имел ограниченный круг лиц.
А партийные и идеологические работники проводили собственную линию. В Вильнюсе на Крещение Господне в начале 1948 года на Крестный Ход и обряд водосвятия на льду Вилии вышли до 7 тыс. человек, при этом к православным присоединилось и немало католиков. Местным властям это очень не понравилось. Указали, что богослужения разрешены, но не массовые шествия. Водосвятия на реке на будущее запретили. Эту практику тут же переняли в других регионах. Распространили и на Крестные Ходы между селами, молебны на полях. Осенью 1948 года через Совет по делам РПЦ Синод вынудили принять решение – запретить превращать проповеди в храмах в уроки Закона Божия для детей.
Главным проводником антирелигиозной политики стал в это время новый выдвиженец Жданова Михаил Суслов – он одновременно возглавил два отдела ЦК партии, международный и идеологии и пропаганды. В 1949 году он представил Сталину доклад, что Православная Церковь сыграла свою роль во время войны, теперь надобность в ней отпала. Религия подрывает устои коммунистической идеологии, играет на руку противникам. Да и возможность пополнить казну за счет Церкви выглядела не лишней. Поэтому предлагалось послабления прекратить и начать новую кампанию гонений. Суслова поддержала часть Политбюро. Сталин такие предложения решительно отверг. Но и богоборческие тенденции по каким-то своим соображениям не осудил, их авторов не взгрел, как он это умел, не объявил каким-нибудь «левацким уклоном».