Но во всех этих республиках и регионах действовали русские православные церковные структуры. С местными националистическими властями они чаще всего находились не в лучших отношениях. Следовательно, они могли поспособствовать мирному воссоединению с Советским Союзом. Но если бы последовали гонения на них, они могли превратиться в оппозиционную силу, в каналы для иностранных влияний – ведь их перехватил под себя Константинопольский Патриархат, а в Бессарабии – Румынская церковь. Следовательно, требовалось их не обижать и перевести под управление Церкви на территории СССР. Но какой? В Советском Союзе продолжала действовать обновленческая во главе с Александром Введенским. Серьезно пострадала во время репрессий, но до сих пор считала себя привилегированной, создавала новые приходы.
Но Сталин совершенно правильно оценил, что она объединительную задачу выполнить не сможет. Большинство верующих воспринимает ее именно как «большевистскую», извращенную церковь. Паству в присоединяемых областях оттолкнут протестантские новшества, вызовут расколы. Да и лидеров «живоцерковников» в Кремле и в НКВД знали, как облупленных. Они были прислужниками, не более того, подобным деятелям нельзя было доверять что-то серьезное. Вот тогда-то ставка была перенесена на Русскую Православную Церковь. Прекратились преследования. А перед Московской Патриархией была поставлена негласная, но государственная задача – подготовить и осуществить воссоединение православных структур в республиках и областях, которые перейдут в состав СССР.
Курировать церковные дела было поручено Молотову – наркому иностранных дел, он курировал и политические вопросы воссоединения. От НКВД к Патриархии был прикомандирован майор Георгий Карпов – он сам был выпускником духовной семинарии, а инструкции ему давались уже не собирать компромат, а помогать в выполнении государственного поручения, обеспечивать связь Церкви с правительством и оберегать ее от чрезмерно ретивых партийных работников, сотрудников правоохранительных служб. От аппарата Патриархии мало что осталось, катастрофически не хватало архиереев, священников. Но структуры начали восстанавливаться. Кого-то освобождали из лагерей и ссылок, впервые прошли легальные хиротонии новых епископов. Сергию (Страгородскому) была предоставлена возможность связываться с зарубежными экзархами РПЦ.
Задача, поставленная Сталиным, в полной мере совпадала и с чаяниями самой Патриархии о восстановлении ее канонических прав и территорий, поэтому выполнялась она искренне, воодушевленно, «не за страх, а за совесть». Предстоятелем Польской церкви был митрополит Дионисий (Валединский) – под юрисдикцией Константинополя. Но Польшу немцы разгромили, владыку Дионисия арестовало гестапо. А 90 % православной паствы находилось именно в тех областях, которые отошли к СССР. Мы уже отмечали: как раз перед войной они пережили гонения от польских властей и униатов, порушивших третью часть храмов. Поэтому в лоно Московской Патриархии перешли охотно, многие с чувством облегчения. Был образован Западный экзархат в составе Волынской, Тернопольской, Галицкой, Гродненско-Виленской, Полесской епархий. Экзархом стал архиепископ Николай (Ярушевич), принявший в состав РПЦ здешние приходы – и русские, и украинских «автокефальников».
Зимой 1939–1940 годов прошла война с Финляндией. По ее итогам к Советскому Союзу отошли Карельский перешеек, берега и острова Ладоги, приграничные районы Карелии. Но и здесь население было православным. Не испытывало никакого восторга по поводу лютеранских новшеств Финляндской Церкви под эгидой Константинополя, ее перехода на «новоюлианский календарь». Эту паству принял и воссоединил с РПЦ митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий (Симанский).