Третья редакция «М. и М.», начатая во второй половине 1936 г. или в 1937 г., первоначально называлась «Князь тьмы», но уже во второй половине 1937 г. появилось хорошо известное теперь заглавие «Мастер и Маргарита». В мае – июне 1938 г. фабульно завершенный текст «М. и М.» впервые был перепечатан. Авторская правка машинописи началась 19 сентября 1938 г. и продолжалась с перерывами почти до самой смерти писателя. Булгаков прекратил ее 13 февраля 1940 г., менее чем за четыре недели до кончины, на фразе Маргариты: «Так это, стало быть, литераторы за гробом идут?» Фабульно «М. и М.» – вещь завершенная. Остались лишь некоторые мелкие несоответствия, вроде того, что в главе 13 утверждается, что Мастер гладко выбрит, а в главе 24 он предстает перед нами с бородой, причем достаточно длинной, раз ее не бреют, а только подстригают. Кроме того, из-за неоконченности правки, часть из которой сохранялась только в памяти третьей жены писателя Е.С. Булгаковой, а также вследствие утраты одной из тетрадей, куда она заносила последние булгаковские исправления и дополнения, остается принципиальная неопределенность текста, от которой каждый из публикаторов вынужден избавляться по-своему. Например, биография Алоизия Могарыча была зачеркнута Булгаковым, а новый ее вариант только вчерне намечен. Поэтому в одних изданиях «М. и М.» она опускается, а в других, с целью большей фабульной завершенности, восстанавливается зачеркнутый текст.
23 октября 1937 г. Е.С. Булгакова отметила в дневнике: «У М.А. из-за всех этих дел по чужим и своим либретто начинает зреть мысль – уйти из Большого театра, выправить роман («Мастер и Маргарита»), представить его наверх». Тем самым «М. и М.» признавался главным делом жизни, призванным определить судьбу писателя, хотя в перспективе публикации романа Булгаков далеко не был уверен. Перед завершением перепечатки текста «М. и М.» он писал Е.С. Булгаковой в Лебедянь 15 июня 1938 г.: «Передо мною 327 машинописных страниц (около 22 глав). Если буду здоров, скоро переписка закончится. Останется самое важное – корректура авторская, большая, сложная, внимательная, возможно с перепиской некоторых страниц.