Часто в качестве доказательства кризиса и поражения советской системы в годы войны приводят тот факт, что, после первых же выстрелов на советско-германской границе, началась ее трансформация. Методы управления, еще в конце 1930-х годов казавшиеся незыблемыми, отвергались. Вместо них происходил переход к новым, часто более демократическим. Однако следует отдавать себе отчет в двух обстоятельствах общетеоретического и практического плана. Во-первых, советская система в годы войны видоизменялась не только под давлением разобранных выше негативных факторов, в том числе протестных настроений в обществе. Сам резкий переход от мира к войне требовал серьезной настройки аппарата власти с учетом быстро менявшейся обстановки. Во-вторых, изменения шли и в течение всех предшествующих десятилетий, начиная с 1917 года. В обществе боролись демократические и антидемократические тенденции. И сегодня многие ученые, в том числе на Западе, не спешат однозначно утверждать, что эта борьба завершилась, тотчас, как окончилась гражданская война. Не стоит так же забывать судьбу царской России. Косность политических институтов, нежелание учитывать веянья времени в конечном итоге привели ее к гибели. Соответственно, гибкость советской системы является доказательством скорее ее устойчивости, нежели кризиса.

Перестройка государственного механизма на военный лад начинается уже в первые часы после нацистской агрессии. Некоторые мероприятия были продуманы заранее, другие – стали ответом на быстро меняющуюся ситуацию. Уже в первый день войны 22 июня Политбюро, а затем Президиумом Верхового совета СССР принимаются четыре важных документа, определивших характер мобилизационных мероприятий. Это указы: № 95 «О мобилизации военнообязанных»: № 96 «Об объявлении в отдельных местностях СССР военного положения», № 97 «О военном положении»; № 98 «Об утверждении Положения о военных трибуналах». В указе «О военном положении», со ссылкой на Конституцию, разъяснялось, что военное положения в отдельных местностях или во всей стране может вводиться для обеспечения общественного порядка и государственной безопасности. В местностях, объявленных на военном положении, вся полнота власти в части обороны передавалась военным. За неподчинение распоряжениям военных властей и за совершаемые преступления предусматривалась уголовная ответственность по законам военного времени. Нарушителями должны были заниматься специальные трибуналы, приговоры которых обжалованию не подлежали. Важное положение содержалось в заключительном пункте указа, пояснявшем, что юрисдикция данного указа «распространяется так же на местности, где в силу чрезвычайных обстоятельств отсутствуют местные органы государственной власти и государственного управления СССР». Речь шла об оккупированных врагом территориях.

На следующий день, 23 июня Политбюро приняло постановление «О Ставке Главного Командования вооруженных сил Союза ССР». Без проволочек оно было оформлено совместным закрытым постановлением СНК и ЦК ВКП (б). Ставка, таким образом, стала первым созданным в годы войны чрезвычайным органом управления. В ее компетенцию входило руководство вооруженными силами. Председателем Ставки был назначен Нарком обороны Тимошенко. Так же в нее были включены Сталин, Молотов, К. Е. Ворошилов, С. М. Буденный, Жуков и Кузнецов. Советская историография не любила подчеркивать этот факт, но, как легко увидеть, большинство «рядовых» членов ставки были по своему положению, а главное по авторитету в стране несоизмеримо выше ее формального руководителя. Это не могло не создавать определенные трудности. Видимо, понимал положение вещей и сам Тимошенко, который подписывался под исходящими из Ставки документами не как ее Председатель, а расплывчатой формулой: «От ставки Главного Командования Народный Комиссар Обороны С. Тимошенко».