Позже состав и даже название этого важного органа военного управления претерпевало неоднократные изменения. Так, 10 июля, как официально разъяснялось, в связи с образованием Главных командований отдельных направлений (Северо-Западного, Западного и Юго-Западного) он был переименован в Ставку Верховного Командования. Обращает на себя внимание тот факт, что в этот же день вместо Тимошенко Председателем Ставки становится Сталин. Тогда же в нее был введен Б. М. Шапошников, как очень скоро выяснилось – с дальним прицелом: 30 июля он возглавит Генштаб, сменив менее опытного в штабной текучке Жукова. Чуть раньше, 19 июля 1941 года, своего высокого поста лишится Тимошенко. Вместо него НКО возглавит лично Сталин. Наконец, 8 августа Сталин буден назначен Верховным Главнокомандующим. Соответственно Ставка Верховного Командования будет преобразована в Ставку Верховного Главнокомандования. Тем самым, организация управления армией приобретает свой законченный вид. Как подчеркивал в этой связи A. M. Василевский, в результате проведенных реорганизаций «значительно улучшилось руководство Вооруженными Силами, их строительством и обеспечением».

Важную роль в переводе политической системы и страны в целом на военные рельсы сыграла упомянутая выше «Директива о мобилизации» от 29 июня 1941 года. По справедливому замечанию ведущих современных историков, в ней была сформулирована «основная программа действий по превращению страны в единый боевой лагерь». Директива предельно лаконично, но емко формулировала суть происходящих событий. «Вероломное нападение фашистской Германии на Советский Союз продолжается. Целью этого нападения является уничтожение советского строя, захват советских земель, порабощение народов Советского Союза, ограбление нашей страны, захват нашего хлеба, нефти, восстановление власти помещиков и капиталистов… В навязанной нам войне с фашистской Германией, – отмечалось в ней, быть народам Советского Союза свободными или впасть в порабощение». Документ отмечал, что, несмотря не всю серьезность нависшей над Родиной угрозы, «некоторые партийные, советские, профсоюзные и комсомольские организации и их руководители еще не осознали значения этой угрозы и не понимают, что война резко изменила положение», что «Родина оказалась в величайшей опасности». Требовалось сбросить пелену иллюзий и благодушия и, засучив рукава, браться за сложное дело организации отпора агрессору.

В документе звучал призыв «драться до последней капли крови», «проявлять смелость, инициативу и сметку, свойственные нашему народу». Тыл предстояло укреплять «подчинив интересам фронта свою деятельность». Для помощи раненым предлагалось приспосабливать помещения школ, клубов и даже государственных органов. С дезертирами, паникерами, диверсантами звучал призыв расправляться беспощадно, придавать суду военного трибунала. Как особое оружие врага назывались провокационные слухи. Директива реально оценивала ситуацию, признавала возможность оставления врагу части советской территории. В документе звучал призыв в случае вынужденного отхода Красной Армии «не оставлять врагу ни одного паровоза, ни одного вагона, не оставлять противнику ни килограмма хлеба, ни литра горючего». Колхозников призывали угонять скот, вывозить зерно. Все, что невозможно было эвакуировать, должно было «безусловно уничтожаться». Директива требовала в захваченных районах создавать невыносимые условия «для врага и всех его пособников, преследовать и уничтожать их на каждом шагу». Для этого предполагалось разжечь во вражеском тылу партизанскую войну, как это было в годы Отечественной войны 1812 года. Директива заканчивалась словами, направленными непосредственно коммунистам: «Задача большевиков, – говорилось в ней, – сплотить весь народ вокруг Коммунистической партии, вокруг Советского правительства для самоотверженной поддержки Красной Армии, для победы».