Энеолитические земледельцы и шахтеры медных рудников, как полагают некоторые специалисты, участвовали в церемониях почитания этих богов, а также поклонялись и небесным телам: звездам, солнцу и луне. В ту эпоху возникли касты жрецов или шаманов, обязанностью которых стало проведение религиозных церемоний. К тому же времени относят и более широкое распространение женских фигурок из дерева и слоновой кости, а также появление украшенных орнаментом медных изделий, предназначенных для использования в религиозных ритуалах. В пещере сокровищ в Нахал-Мишмар в Иудейской пустыне был найден богатый клад изделий из меди и слоновой кости, предназначенных для религиозных обрядов: булавы, скипетры и предметы, напоминающие формой корону. В 1961 году в этой пещере было обнаружено 429 подобных предметов, завернутых в мягкую ткань. Возраст находки был определен в 6 тысяч лет.

По большей части глиняные фигурки энеолита представляют собой изображения богинь плодородия. У некоторых статуэток из глины и камня присутствуют лишь груди и бедра. Мужские божества этого периода представлены в виде баранов. В ту же эпоху в религиозный ритуал вошли возлияния, в связи с чем появился новый ритуальный предмет – рог или конический сосуд для возлияний. В одном из энеолитических храмов в Гилате (пустыня Негев) был найден символический сосуд для возлияний, на котором изображен баран, несущий рог.

Та эпоха была периодом широкого распространения культа предков, и обмазанные глиной черепа обнаруживаются во многих энеолитических поселениях. Обряд погребения становится более изощренным и характеризуется изготовлением глиняных оссуариев – украшенных орнаментом глиняных вместилищ для костей. Места захоронений отделяются от жилищ и выносятся за пределы городов. Оссуарии устраивают в специально отрытых для этого пещерах. В энеолитическом поселении Пки-ине в Верхней Галилее были найдены сотни тщательно выполненных оссуариев, украшенных изображениями реальных животных и фантастических существ.

На этой ранней стадии развития человеческой цивилизации люди верили в загробную жизнь и не жалели сил для поддержания культа мертвых. Сама природа артефактов, оставленных в могилах (вещей, которыми мертвец пользовался при жизни), говорит о том, что люди думали, будто мертвые могут защитить оставшихся в живых. Жертвоприношения предкам считались залогом защиты и покровительства с их стороны.

В раннем бронзовом веке в 3500–2300 годах до н. э. статуэтки становятся более разнообразными. В этот период религия являлась важной частью повседневной жизни. В обществах Ближнего Востока служители культа пользовались высоким общественным статусом, а религиозные ритуалы регулярно отправлялись в храмах и дворцах, которые строились обычно в центре городов.

Египтяне и вавилоняне создали пантеоны богов и богинь, олицетворявших различные силы природы. Подобные сооружения позднее появились в Греции и Риме. В греко-римском пантеоне мы узнаем преемницу богини плодородия эпохи неолита в образе богини любви Афродиты (в Греции), которую в Риме называли Венерой, а также множество других божеств, находившихся в сложных отношениях как с людьми, так и между собой. Бык продолжал служить олицетворением природных сил, как мы видим в минойском мифе о Минотавре.

Физик Макс Джеммер проследил развитие идеи проникновения понятий о природных физических силах в религию. В книге «Понятие силы» («Concepts of Force», 1999) он пишет: