Малороссия не пошла за своим старым гетманом: интересы простонародной массы были противоположны интересам старшин и вообще богатых и значных людей казацкого сословия. Последние понимали вольность в таком смысле, чтобы привилегированный класс, вроде польской шляхты, управлял всею страною и пользовался ее экономическими силами за счет остального народа – так называемой черни, а простонародная громада хотела полного равенства, всеобщего казачества. Едва только пошла по Малороссии весть, что чужестранцы приблизились к пределам малороссийского края и гетман со старшиною переходят на их сторону, народ заволновался, стали составляться шайки – нападать на чиновных людей, на помещиков, грабить богатых торговцев, убивать иудеев, и Мазепа, задумавший со старшиною доставить Малороссии независимость и свободу, должен был сознаться, что народ не хочет такой независимости и свободы, а желает иной свободы, к которой стремление начинает грабежом и расправою над знатными и богатыми людьми. Те, которые носили казацкое звание и были отличены по правам личным и имущественным от посполитых людей или черни, быть может, пошли бы за своим предводителем, если бы у Карла были большие силы, а у Петра было их мало. Вышло наоборот: казаки увидали, что Карл пришел с малочисленным войском и трудно было ему дополнять его из далекого своего отечества, а Петр явился с ратью, вдвое превосходившею силы его соперника; войско Петра беспрестанно увеличивалось и готово было безжалостно разорять малороссийский край, если казаки станут заявлять расположение к шведам.

Царь стал в Лебедине. Карл занял Ромны, взял Гадяч, потом потерял Ромны. Наступили такие суровые морозы, каких не помнили в Малороссии деды и прадеды. Птицы замерзали, летая по воздуху. Воины отмораживали себе руки и ноги. Шведы терпели более русских, потому что одеты были легче; это уменьшило силы Карла, а силы Петра увеличивались прибывавшими рекрутами.

В начале января 1709 г. шведы взяли местечко Веприк, и тем ограничились их успехи. Петр услышал, что Карл возбуждает турок идти на Россию и сам намеревается двинуться на Воронеж. Это побудило Петра оставить войско и ехать в Воронеж, чтоб распорядиться там относительно своих кораблей. Он поехал в начале февраля и осматривал в Воронеже и Таврове корабельные работы; вместе с мастеровыми собственноручно сам работал, в то же время занимался внутренними делами и даже поправлял печатаемые в то время ведомости, календари и учебные книги. Со вскрытием рек царь спустил в Таврове на воду новопостроенные корабли и, несмотря на нездоровье, отправился вниз по Дону в Новочеркасск, где приказал казнить Илью Зерщикова, напрасно думавшего избавиться выдачею Булавина, посетил Азов, осмотрел Троицкую крепость, несколько раз плавал по Азовскому морю, производя морские эволюции, а в мае возвратился к войску степью, через Харьков.

Между тем в отсутствие Петра продолжались военные действия со шведами; две стычки под Красным Кутом и Рашевкою, хотя довольно кровопролитные, не имели важных последствий, но очень важным делом была расправа с запорожцами. Кошевой Костя Гордиенко, приставши к Мазепе, увлек все товарищество; запорожцы обесчестили присланных к ним царских стольников, которые привезли милостивую царскую грамоту, денег на войско и в подарок старшинам. Замечательно, что запорожцы, всегда державшиеся интересов черни в борьбе с казацкою старшиною, и на этот раз заявили такое требование, которое было противно как Петру, так и Мазепе: чтобы в Малороссии не было старшины и чтобы весь народ был вольными казаками как в Сечи. Гордиенко отправился затем с запорожцами в Малороссию; к нему начала приставать чернь из Переяславльского полка; Гордиенко провозглашал всеобщую казачину и приказывал народу на обеих сторонах Днепра собираться и бить старшин. Тогда, по приказанию Петра, полковник Яковлев из Киева двинулся на судах вниз по Днепру, разбил полчища, собравшиеся у Переволочны, доплыл до Сечи и после упорного сопротивления взял ее приступом. Большая часть из находившихся в Сече запорожцев пала в битве; до трехсот человек взято в плен и казнено по приказанию государя. Но в Сече оставалась тогда небольшая часть всего запорожского коша; остальные с Гордиенком и со всею старшиною успели пробраться через Малороссию, разбили русский отряд полковника Кампеля и соединились с Карлом.