Уступая тяжелым обстоятельствам, малорусс поневоле клонил голову то перед ляхом, то перед «москалем», то перед турком, а в душе не любил никого из них: его заветным желанием было прогнать их всех от себя и жить дома на своей воле. Это между тем было невозможно не только по обстоятельствам, извне влиявшим на Малороссию, но по причине внутренней безладицы, мешавшей всем помыслам и стремлениям направиться к одной цели. Казацкие старшины и вообще люди, у которых горизонт политических воззрений был шире, чем у простолюдинов, пропитаны были совсем иными понятиями, чем какие господствовали у великоруссов. Они чуяли, что русская самодержавная власть посягнет на то, что в Малороссии называлось казацкою вольностию. Уже со стороны великорусских важных лиц делались зловещие намеки на необходимость поставить Малороссию на великорусский образец. По поводу постройки Печерской крепости в Киеве, стали отрывать казаков от хозяйственных занятий и гонять на земляные работы, а великорусские служилые люди, наводнявшие Украину, обращались с туземцами нагло и свирепо. Мазепа был человек своего времени; для него, поставленного на челе власти в своем крае, независимость Малороссии не могла не быть идеалом. При невозможности достигнуть этого идеала он, наравне со своими соотечественниками, мог только втайне вздыхать, а перед великоруссами казался верным слугою царя. Но вдруг явилось искушение и надежда достичь желанной цели. Уже не раз польские сторонники шведского короля делали Мазепе соблазнительные предложения; он их отвергал, потому что не надеялся на успех. Но когда противник Карла и союзник Петра лишился короны, и Петру приходилось теперь одному без союзников бороться с победоносным соперником, когда Петр готовился уже не расширять пределы своего государства, а защищать его средину от неприятельского вторжения, – Мазепа увлекся предположением, что в предстоявшем повороте военных обстоятельств победа останется за шведским королем, и если Малороссия будет упорно стоять за Россию, то Карл отнимет ее у России и отдаст Польше, а потому казалось делом благоразумия заранее стать на сторону Карла, с тем чтобы, после расправы с Петром, Малороссия признана была самостоятельным независимым государством. В этом смысле Мазепа стал вести тайные переговоры, но все еще колебался и не открывал своего замысла никому, кроме самых близких; когда же Карл приблизился к Украине, а Меншиков потребовал гетмана к себе на соединение с великорусскими военными силами для совместного действия против Карла, – Мазепа очутился в роковой необходимости выбирать либо то, либо другое: 24 октября 1708 года он присоединился к шведскому войску с несколькими лицами из казацкой старшины, с четырьмя полковниками и отрядом казаков; но те, которые пошли за ним, стали потом уходить от него, когда узнали, куда он их ведет.

Петр, никак не ожидавший такого события, узнал о нем 27 октября в Погребках на Десне, где наблюдал за движениями неприятеля. Он приказал Меншикову истребить дотла Батурин, столицу гетмана. Русские взяли Батурин, 1 ноября, и перебили в нем все живое с такою жестокостию, какою отличались в Ливонии и в собственной земле во время укрощения булавинского бунта. Вслед за тем Петр приказал съехаться в город Глухов, к 4 ноября, малороссийскому духовенству и старшине. Там избран был новым гетманом стародубский полковник Иван Скоропадский, а потом, угождая царю, малороссийское духовенство совершило обряд предания анафеме Мазепы с его соучастниками. После того между Карлом и Мазепою, с одной стороны, и Петром со Скоропадским – с другой, началась полемика манифестами и универсалами, обращаемыми к малороссийскому народу. Карл и Мазепа старались вооружить народ против Москвы, пугая его тем, что царь хочет уничтожить казацкие вольности, а Петр и Скоропадский уверяли малоруссов, что Мазепа имеет намерение отдать Малороссию в прежнее порабощение Польше и ввести унию. Петр приказал сложить с народа поборы, установленные гетманом Мазепою, и в своем манифесте выразился так: «Ни один народ под солнцем такими свободами и привилегиями и легкостию похвалитися не может, как народ малороссийский, ибо ни единого пенязя в казну нашу во всем малороссийском крае с них брать мы не повелеваем».