Однако прославление святителя состоялось лишь в 1918 году.

От неустановленной причины в храме произошел пожар, уничтоживший гробницу и нетленные мощи святителя Софрония. Знаменательно, что это событие совпало со днем хиротонии святителя, бывшем в 1753 году, и с новым праздником будущей безбожной власти – Первомаем (18 апреля по старому стилю), в то время уже достаточно широко и по-своему празднуемым – с пьянками, драками и «красными петухами», как тогда называли пожары.

Особая комиссия из духовных лиц, мирян, представителей судебной власти, экспертов-медиков и одного химика освидетельствовала прах и кости святителя, сохранившиеся после пожара, и благоговейно сложила останки в специальный ковчежец.

Сразу после пожара во много раз выросло число его почитателей, увеличилось количество панихид, уже перед ковчежцем. По рукам богомольцев и раньше ходили подписные листы с требованием скорейшего прославления угодника Божия, теперь их количество значительно увеличилось. Выросло число заявлений о новых чудесах и знамениях, совершившихся по молитвенному предстательству святителя, причем многие из тех, кто пережил подобное чудесное явление, свидетельствовали об этом на Иркутском епархиальном съезде перед всеми собравшимися. В адрес съезда поступили обращения из других епархий с поддержкой стремления иркутян к прославлению святителя Софрония. Обращения поступали не только из Сибири, но и из далекой Тверской, Киевской и других епархий.

Это ходатайство перед Святейшим Синодом было возбуждено и передано оттуда в совет Всероссийского Священного Собора. Кроме донесения высокопреосвященного Иоанна Иркутского Собору были представлены все обращения и заявления с описанием чудес, проверенных специальной комиссией, листы с подписями свыше 18 000 человек.

Собор епископов нашел благовременным осуществить благочестивое желание многочисленных почитателей памяти в Бозе почившего святителя Софрония.

Само торжество прославления, сроки которого деяниями Собора было предложено определить Иркутскому архиерею самому, сообразуясь с мнением патриарха и местными условиями, ориентировочно планировалось на 30 июня.

Вместе с тем, в адрес патриарха и Синода поступила записка от причта Иркутского кафедрального собора с просьбой отложить торжество погребения святителя, по крайней мере, до 8 октября.

Помимо опасений не уложиться в оставшееся до 30 июня время, серьезными представлялись политические и экономические причины. Страна находилась в состоянии гражданской войны; для богослужений не хватало свечей, муки, вина, деревянного масла; не было икон святителя; кроме всего для организации празднования нужно было получить разрешение у новых властей, а между тем «новая власть в лице комиссаров устройство торжества в ближайшее время находит неудобным». «Наконец, – пишут клирики Иркутска, – в городе в настоящее время крайне напряженная обстановка вследствие движения Белой Армии с Дальнего Востока. Во что это выльется через месяц-другой, сказать трудно».

Против таких доводов трудно было что-либо возразить, и патриарх дал согласие на перенесение срока прославления на более благоприятное время. В минуту разногласий о времени прославления сам святитель Софроний явился архиепископу Иоанну и рек ему: «Мужайся!», чем вдохновил его пойти наперекор видимым препятствиям. Торжество состоялось именно 30 июня.

С 1937 года, после закрытия этого храма, святыня пребывает под спудом.