О препятствующих проповеди среди идоляторов доносить кому следует.

Не желающим святого крещения, после обращения и увещевания принуждения не чинить и никаких угроз не делать, понеже христианской проповеди надлежит любовь со смирением, кротостию и тихостию, понеже сердце человеческое насильствуемо быть не может».

Но положение новокрещенных было тяжелым. Сородичи смотрели на них как на отщепенцев. Поэтому многие из обращенных уходили из своих семей и поступали в услужение к русским или жили у воспреемников. Но были случаи, когда непривычные условия новой жизни и тоска заставляли их убегать назад в свои родные улусы. Появились следственные дела «о оказавшихся из новокрещенных в свои улусы побегах». Всевозможные меры, принимавшиеся духовенством к насаждению новокрещенных от языческого влияния, были не всегда эффективны. И использовать здесь силу святитель воспрещал. Так, им было отказано в посылке на Байкал отряда казаков, «для сыску беглых новокрещенных, дабы казаки не могли братским обид и разорения произвести».

Святитель много сил и энергии тратил на строительство. В Вознесенском монастыре был сооружен каменный соборный храм во имя Вознесения Господня, в который в 1805 году были перенесены мощи святителя Иннокентия, в Знаменском женском монастыре сооружен каменный храм во имя Знамения Божией Матери. В самом городе построены были четыре храма, и при Богоявленском соборе устроен придел во имя Казанской иконы Божией Матери, в котором впоследствии был погребен сам строитель – святитель Софроний. Построен был также каменный архиерейский дом с каменной же вокруг него оградой. Консистория, помещавшаяся в Вознесенском монастыре, была переведена в Иркутск, в новое здание.

Святителем прилагалось всяческое старание к открытию новых приходов, снабжению церквей приличной утварью, ризницей, устройству колокольного звона, лучшей постановке в церквах пения.

Архипастырские труды владыки сочетались с истинно подвижническим образом его жизни. Питался он скудно, спал на какой-нибудь коже на полу, непрестанно молился.

Щедрость святителя Софрония не знала границ. Его жилище и весь Вознесенский монастырь были переполнены больными, бездомными, сиротами. Народ шел к нему тысячами.

Святитель скончался 30 марта 1771 года во втором часу по полудни. После кончины, пришедшейся на второй день Святой Пасхи, прикрытый крышкой гроб с телом святителя целых шесть месяцев и десять дней простоял поверх пола в устроенном им Казанском приделе Иркутского собора. Все это время тело оставалось нетленным. И вскоре же от гроба святителя начались чудеса и исцеления больных. Таких чудес, только записанных и проверенных, еще до канонизации святителя насчитывалось шестьдесят восемь.

К его могиле стали приходить не только жители Иркутска и Забайкалья, но и страждущие и больные со всей Сибири.

8 марта 1909 года особой комиссией было произведено официальное освидетельствование останков святителя, причем обнаружилось, что через сто тридцать восемь лет, несмотря на близость к воде (рядом протекает река Ангара), несмотря на постоянную сырость в пещере и под полами собора, особенно в летнее время, гроб, одеяние и тело святителя Софрония сохранились нетленными.

В 1909 году в Иркутске состоялся Миссионерский съезд, который своим постановлением выразил желание ходатайствовать о прославлении святителя Софрония перед Святейшим Синодом. В следующем году 19 марта иркутский архиепископ Тихон (Донебин) обратился в Синод со своим личным ходатайством. В 1914 году архиепископ Иркутский Серафим сделал Синоду подробный доклад о житии и чудесах, исходящих от нетленных мощей святителя Софрония.