На Украине перед референдумом 1 декабря 1991 г. НТС агитировал за сохранение единства страны, но лишь 9,7 % избирателей с ним согласились.

В России же НТС настаивал: «Августовскую победу надо закрепить», предупреждая об угрозе коммунистического реванша, требуя новых выборов на всех уровнях власти. Группы НТС на местах усиленно агитировали в пользу Ельцина накануне референдума 25 апреля 1993 г. и за роспуск Верховного Совета. Повторенное в восьми разных заявлениях, это требование попало в широкую печать («Независимая газета») лишь утром 21 сентября 1993 г., когда Ельцин на этот шаг наконец решился. На его столе заявление НТС появилось за несколько дней до этого и было едва ли не единственным в своем роде. НТС также направил свои соображения в Конституционное совещание при Президенте и поддержал проект Конституции 1993 г.

Ещё в феврале 1978 г. Совет НТС предупреждал, что ни «конструктивные силы в правящем слое» (то есть радикальные реформаторы), ни независимая общественность и политическое подполье сами по себе своих целей добиться не могут; только «во взаимодействии этих сил – ключ к освобождению и сохранению России». Действительно, когда М. С. Горбачёв в конце 1986 г. вернул А. Д. Сахарова из ссылки, события пошли по этому сценарию и успешно развивались до осени 1991 г. Но тут Ельцин решил, что для него важнее не поддержка общественности, а поддержка советского административного аппарата, который поставил негласное условие: ты нас не трогай, а мы на тебя будем работать. Требования независимой общественности, которые разделял и НТС, остались невыполненными. Не было ни реального суда над КПСС, ни запрета её функционерам занимать крупные должности в политике и образовании, ни признания незаконным Октябрьского переворота 1917 г. и последовавшего за ним советского законодательства, ни полной отмены советских названий улиц и городов и устранения советских памятников, ни раскрытия архивов КГБ и создания не связанной с ним новой службы безопасности. Первые свободные выборы задержались до времени политически весьма невыгодного, а последовавшая за ними политика «согласия и примирения» с коммунистами оставила Августовскую революцию незавершённой.

Все это было неприемлемо, и Союз попытался выдвинуть кандидатуру генерала А. И. Лебедя в президенты. В начале 1995 г. его штабу предоставили помещение в Москве; предполагалось создать комитеты, готовые финансировать предвыборную кампанию. В Лебеде видели кандидата, способного обеспечить социальную и патриотическую направленность необходимых рыночных реформ. Однако эта инициатива сорвалась: кандидатура Лебедя на выборах в июне 1996 г. была выдвинута независимо от НТС, хотя члены Союза работали в его партии «Честь и Родина».

Ранее, на выборах 1993 г., два человека от НТС прошли в Государственную Думу по списку «Выбора России», затем на областных и городских выборах 25 человек баллотировались, двое прошли в местные думы. Во второй Государственной Думе остался один член НТС, и ему осталось докладывать Совету о том, как коммунисты в благодарность за компромиссы устраивают Ельцину непрерывную обструкцию.

В 1992 г. Екатерина Самсонова, директор издательства «Посев» во Франкфурте, открыла его филиал в Москве, а главный редактор журнала «Посев» Елизавета Миркович перевела туда и редакцию. Нынешнее помещение на Петровке, 26 купили в январе 1994 г. на деньги, вырученные от продажи дома НТС в Париже на рю Бломэ.

В 1991–1995 гг. НТС проводит в России учебные семинары для своих членов и ряд публичных выступлений. Осенью 1992 г. в Доме учёных состоялось собрание издательства «Посев», в 1993 г. в Доме журналиста – конференция журнала «Посев», в 1994 г. в Музее революции – собрание по поводу 50-летия Пражского манифеста КОНР. В том же году из Франкфурта было привезено 40 тысяч экземпляров эмигрантских изданий – в дар Российской Государственной библиотеке от «Посева». Книги каталогизированы как коллекция имени А. П. Тимофеева, ведавшего антикварным отделом издательства. Последним делом жизни В. Д. Поремского в России (при участии академика С. П. Курдюмова и др.) была организация в январе 1996 г. форума по синергетике как научной проекции солидаризма.