У Президента России и Правительства России, в отношении имущества этой корпорации довольно много полномочий, связанных с определением перечня и имущества подведомственных корпорации обществ и унитарных предприятий (их имущества). Кроме этого, Президент России утверждает положение о взаимодействии Корпорации и Министерства обороны РФ и положение об уполномоченном органе Министерства обороны РФ по вопросам поддержания, развития и эксплуатации ядерного боезапаса, обеспечения его ядерной безопасности, охраны и антитеррористической устойчивости, контроля за проведением ядерных испытаний за пределами Российской Федерации.

Правительство России утверждает программу деятельности Корпорации на долгосрочный период, государственный оборонный заказ Корпорации, регламент Корпорации, порядок отчисления средств на формирование специальных резервных фондов Корпорации.

Корпорация является уполномоченным органом управления использованием атомной энергии. Она наделена полномочиями от имени Российской Федерации центральным государственным органом и пунктом связи и национальным компетентным органом по выполнению обязательств Российской Федерации в области обеспечения физической защиты ядерного материала в Международном агентстве по атомной энергии и других международных организациях.

Корпорация осуществляет в порядке, определяемом Правительством России, функции уполномоченного органа управления государственным запасом специального сырья и делящихся материалов, ядерными материалами, находящимися в федеральной собственности, за исключением ядерных материалов, передаваемых в составе изделий Министерству обороны РФ.

Корпорация вправе разрабатывать предложения по формированию государственной политики в области использования атомной энергии, включая научно-техническую, инвестиционную и структурную политику, по развитию и безопасному функционированию атомного энергопромышленного и ядерного оружейного комплексов Российской Федерации, атомного ледокольного флота, представляет данные предложения на рассмотрение Президента России и в Правительство России и обеспечивает их реализацию.

Корпорация вправе обеспечивать контроль за обращением ядерных материалов в Российской Федерации, за обеспечением ядерной, радиационной, технической и пожарной безопасности ядерных установок, радиационных источников и пунктов хранения при использовании атомной энергии, а также вести государственный регистр ядерных материалов, выдавать странам-поставщикам заверения от имени Российской Федерации в отношении мирного использования импортируемых ядерных товаров и технологий, обеспечения их физической защиты и условий последующей передачи.

В круг ведения корпорации входят вопросы лицензирования деятельности организаций по использованию ядерных материалов и радиоактивных веществ при проведении работ по использованию атомной энергии в оборонных целях, включая разработку, изготовление, испытание, транспортирование (перевозку), эксплуатацию, хранение, ликвидацию и утилизацию ядерного оружия и ядерных энергетических установок военного назначения, за исключением деятельности организаций Министерства обороны РФ в этой области.

Корпорация выдает свидетельства на право ведения работ в области использования атомной энергии осуществляющим такую деятельность работникам учреждений Корпорации, акционерным обществам Корпорации и их дочерним обществам, а также подведомственным предприятиям. Вправе принять решение о признании организации пригодной эксплуатировать ядерную установку, радиационный источник или пункт хранения и осуществлять деятельность по размещению, проектированию, сооружению, эксплуатации и выводу из эксплуатации ядерной установки, радиационного источника или пункта хранения, а также деятельность по обращению с ядерными материалами и радиоактивными веществами.