23 ноября Гитлер издал свою первую директиву, где говорилось, что ни одно здание в Будапеште не может быть оставлено без боя. При этом солдаты не должны были считаться с потерями среди гражданского населения и материальным ущербом. Затем 1 декабря последовал его приказ № II, в котором Будапешт провозглашался крепостью, командование которой поручалось обергруппенфюреру СС Отто Винкельману, которому на тот момент уже были подчинены все части СС и полиция на территории Венгрии. Таким образом, Пфеффер-Вильденбрух и его IX горнострелковый корпус СС переходили в подчинение к Винкельману. Организационно войска, развернутые в Будапеште, входили в состав немецкой 6-й армии, однако им предоставлялась свобода действовать самостоятельно после предварительных консультаций с командованием армии. Расквартированные в столице части и подразделения должны были заниматься подготовкой к обороне зданий и городских территорий, создать систему коммуникаций, противодействовать попыткам организации в городе беспорядков, оказывая здесь содействие силам полиции и жандармерии. Согласно приказу Гитлера в город должны были прибыть специальные подразделения по подавлению беспорядков.

Отсутствие четко выраженного распределения обязанностей между представителями немецкого командования ярко иллюстрирует тот факт, что задача обороны столицы была поставлена трем разным организациям. При этом ни одна из них не получила четких инструкций относительно того, где ее обязанности заканчиваются и передаются следующей структуре: вермахт, представленный командованием III танкового корпуса, войска СС в лице Пфеффера-Вильденбруха и корпусной группы «Будапешт» и, наконец, «дипломатическое» крыло СС, которое представлял Винкельман. Такой явный избыток командных структур можно было лишь частично объяснить почти истерическим страхом со стороны некоторых властных структур, в частности венгерских «Скрещенных стрел» и немецкой службы безопасности. Прежде всего здесь, возможно, виновато обилие в Третьем рейхе властных структур, что позволяло представителям СС, СА и местным гаулейтерам буквально захватывать различные полномочия, за которые между ними шла постоянная непримиримая борьба. И даже Гитлер, сосредоточивший в своих руках всю центральную власть, не мог хоть как-то существенно ограничить этот процесс.

4 декабря Салаши объявил, что принимает волю Гитлера, несмотря на то что Гудериан все еще продолжал настаивать на необходимости не допускать боев с противником на территории города. В этой связи было объявлено о том, что в любом из районов, которые предполагается оставить, было необходимо предварительно взрывать мосты и уничтожать объекты городской инфраструктуры. Точка зрения, согласно которой Будапешт следовало объявить открытым городом, была отвергнута немецкими дипломатами под тем предлогом, что и в самой Германии каждый город будут защищать «до последнего кирпича». Фриснер неоднократно просил, чтобы линию фронта отвели назад, но его просьбы всякий раз отвергались.

5 декабря Винкельман был вынужден оставить свой пост, на котором он продержался всего четыре дня. Это произошло оттого, что он неоднократно выражал сомнения в возможностях оборонять город и рекомендовал оставить Пештский плацдарм, что пришлось совсем не по вкусу Гитлеру. На его место Гитлер назначил Пфеффера-Вильденбруха. 12 декабря из-за сложившейся за Дунаем катастрофической ситуации командование III танкового корпуса было выведено из Будапешта (несмотря на то что дивизии корпуса остались далеко позади). Теперь командование армейского корпуса «Будапешт» и IX горнострелкового корпуса СС было сосредоточено в руках Пфеффера-Вильденбруха, который подчинялся напрямую командованию группой армий «Юг». Но, несмотря на то что Пфеффер-Вильденбрух теперь сосредоточил в своих руках всю полноту власти, Винкельман продолжал вмешиваться в его деятельность. Последний случай такого вмешательства имел место 22 декабря, когда вопреки приказам Гитлера он попытался убедить Фриснера в необходимости оставить Пештский плацдарм.