Вообще, ревностный к православию, правдолюбивый Стефан много пострадал в жизни, являясь одною из жертв той переходной эпохи. Происходя из дворянской Волынской семьи, Стефан, в жажде образования, должен был поступить в славившиеся тогда галицкие и польские училища и для того, вероятно, на время отступить от православия. Присланный благодетелем своим, митрополитом киевским Варлаамом Ясинским, в Москву, он был замечен Петром, который услышал слово, произнесенное им над гробом боярина Шеина, и который искал ученых и способных монахов, особенно – не враждебных европейскому духу, чтобы таковыми замещать епископские кафедры. Петр призвал Стефана на Казанскую кафедру, от которой он долго отказывался, так как в Москве его осыпали бранью и клеветами за его пребывание у иезуитов. В Великороссию он внес с собою ту любовь к просвещению, которая составляла отличительную черту малороссийского монашества, принес и свое захватывающее, красноречивое слово. Даже враги его говорили, что, уча в церкви, он мог по произволу заставить слушателей плакать или смеяться.

Свой дар слова он посвятил борьбе с двумя современными ему язвами: расколом и протестантскими веяниями.

Он застал в Москве мнение, что близко пришествие антихриста, что Москва – Вавилон, а жители ее – вавилоняне, слуги антихристовы и сыны погибели. Некоторые брались за вычисления, назначали день и час, когда Христос придет на Суд, и пред назначенным временем делали себе гробы, рыли могилы, закутывались в саваны и ложились ожидать Христа.

Для вразумления таких людей Яворский написал сочинение с обличением этих мнений, показывая, на основании Священного Писания, каковы будут истинные признаки пришествия антихриста.

Совершенно невозможную, дикую форму приняло в Москве распространение кальвинистского учения. Полковой фельдшер Тверитинов, набравшись мыслей у врача-иноземца, стал распространять хулы на многие из заветнейших преданий церковных: говорил против икон, креста, мощей, причастия, святых, литургии, постов, против поминовения усопших, значения добрых дел.

Он нашел себе последователей между невежественными стрельцами и мастеровыми. Брадобрей Фома Иванов дошел до такого исступления, что в Чудове монастыре при народе кричал хульные слова на великого святителя московского – митрополита Алексия и разрубил ножом его икону. Стефан Яворский после этого ужасного события тотчас нарядил тайное расследование об этом обществе и, найдя главных виновников, предал их церковной анафеме. Фома был казнен по гражданскому суду.

Чтобы оградить православных от протестантской пропаганды, он написал знаменитый «Камень веры», изданный уже по его кончине.

Чем же кончилось это Тверитиновское дело для ревностного Стефана? Государь остался недоволен поспешностью суда и строгостью приговора. В этом взгляде Государя на дело нельзя не видеть вмешательства сильных при Дворе иностранцев, которые были очень недовольны действиями Стефана. Стефан был вызван в Петербург, где по этому делу ему пришлось вынести много неприятностей.

Если Стефану удавалось иногда склонить царя к какой-нибудь мере в пользу православия (в 1719 году по его внушению Петр издал указ не иначе дозволять брак лютеран с православными, как под условием воспитать детей в православии), то в общем постоянная борьба, постоянное несогласие идей Стефана с тем, что творилось высшим духовным управлением, глубоко его угнетали. Смелый, благородный, откровенный, он говорил правду Петру, окруженному протестантами, которые за это и ненавидели его, как непримиримого, стойкого врага.