Конечно, Петр сознавал это недовольство населения, которому в государственных видах должно было напрягаться до последней возможности. Он глубоко страдал, видя непонимание своих стремлений, своей жажды быстро, гигантским шагом, двинуть Россию вперед.

И особенно тяжело ему было видеть несочувствие себе в лицах, стоявших на высоте, всеми видных, задававших общий тон. А первым из таких лиц был Патриарх.

Глубокая внутренняя рознь была между Петром и последним русским Патриархом Адрианом. Петр не принимал от него того, что принимал от совершенно неизвестных ему лиц.

Выше было рассказано, как смоленская игуменья Марфа вымолила у Петра избавления стрельцов от казни. Патриарх Адриан в Москве, помня древнее право святителей московских печаловаться за опальных, пришел в застенок с иконою Богоматери на руках и молил царя о пощаде стрельцов. Петр не принял его печалования. «Зачем ты здесь? – закричал он. – Скорее уходи и поставь икону на свое место. Знай, что я не меньше твоего чту Бога и Его Пречистую Матерь, но мой дом и истинное благочестие обязывают меня заботиться о народе и карать злодеяния, ведущие к общей гибели».

Сперва Адриан резко осуждал иноземные обычаи, вводимые царем, но скоро должен был замолчать. Последнее время он жил безвыездно, ни во что не вмешиваясь, под Москвой, в своем любимом Николо-Перервинском монастыре.

Народ был этим недоволен и говорил: «Какой он Патриарх? Живет из куска, бережет мантию да клобук белый, затем и не обличает».

В этом безучастии Патриарха Петру виделось пассивное сопротивление реформам. Он казался Петру как бы сосредоточением недовольства всей страны. Пусть он сейчас молчал. Он или его преемник мог заговорить, а Петр знал, что, в случае резкого осуждения Патриархом реформ, выйдет еще более хлопот и недоразумений, чем с Никоном. Когда Адриан в 1700 году умер, Петр, не уверенный в том, что найдет среди высшего духовенства лиц, безусловно сочувствующих его преобразованиям, решил повременить с выбором нового Патриарха. Начавшаяся Шведская война дала ему повод продлить переходное положение под тем предлогом, что ему недостает душевного спокойствия, необходимого при выборе столь значительного лица, как Патриарх. Это было первым шагом к отмене патриаршества.

Рязанский митрополит Стефан Яворский был назначен местоблюстителем патриаршего престола. А патриаршим домом, домами архиерейскими и монастырскими велено было ведать боярину Мусину-Пушкину: «сидеть на патриаршем дворе в палатах и писать монастырским приказом».

Ведомству этого учрежденного (или, вернее, возобновленного 24 января 1801 года) приказа подлежало управление патриаршими, архиерейскими, монастырскими и церковными вотчинами; устройство и содержание тех церковных учреждений, от которых были отобраны в собственность государства эти вотчины; установление штатов, назначение настоятелей, строительная часть, посредничество между Церковью и государством. Учреждением этого приказа сделан был первый шаг по переводу церковных вотчин в безусловное ведение государства. Тотчас по учреждении приказа начали составлять переписи всего церковного имущества. По архиерейским домам и монастырям разосланы были стольники, стряпчие, дворяне и приказные.

Отмена патриаршества сильно не понравилась многим приверженцам старины, которые боялись, что эта отмена поведет за собою потерю церковной самостоятельности. Наместник патриаршего престола был ограничен собранием очередных епископов, вызывавшихся попеременно из епархий в Москву. Совещания между местоблюстителем и этими епископами представлялись на утверждение Петра. Участие в духовном управлении светской власти стало сразу весьма значительным. Совершенно устраненный монастырским приказом от множества упомянутых выше весьма важных дел, состоявших раньше в ведении Патриарха, митрополит Стефан и в чисто духовных делах не имел почти никакой власти. Множество назначений на места духовного управления шло помимо Стефана, по представлению Меншикова, Мусина-Пушкина и других лиц. Исключительно Мусин-Пушкин распоряжался патриаршею типографией, сочинениями, переводами, изданием книг, даже исправлением Библии, хотя это исправление и было поручено надзору Стефана.