При обилии земель во время образования казачьей общины ими пользовались на правах первого захвата, заимки огромных «юртов», но вследствие сильного прилива населения уже к концу XVII в. казакам показалось тесно, и начались земельные споры. Войско принуждено было выдавать разводные грамоты, разверстывая леса, луга и озера, остальные земли оставляло в общем пользовании. Описанная организация казачества вначале обеспечивала равенство среди казаков. С усилением же прилива нового, свежего элемента все более резко вырисовывались два типа казаков – домовитых, старых насельников Дона, успевших обзавестись своим хозяйством и потому представлявших опору порядка, и голутвенных (голытьбы), прибывавших на Дон с верховьев позднее, когда условия для расселения были уже менее благоприятными. Из голытьбы вербовались так называемые воровские казаки, – беспокойный элемент, разбивавший караваны на Волге и легко примыкавший ко всяким восстаниям в поисках богатства и удачи. Так, в смутное время они приставали ко всем самозванцам, а позднее поддерживали Стеньку Разина. Впрочем при удачном направлении этих сил и они оказывались полезными; так, напр., воровские казаки покорили Ивану Грозному Сибирское царство. Среди голутвенных же казаков имел особенный успех с XVII в. план восстановления старой веры. С этой целью казаки со старейшинами Самойлой Лаврентьевым и Киреем Матвеевым вели переговоры с яицкими казаками. Восстание, однако, не успевшее принять слишком значительных размеров благодаря доносу другой части казаков, было подавлено царскими войсками, взявшими городок на Медведице, в котором заперлись раскольники. После усмирения мятежа часть недовольных казаков бежала на Куму, откуда перебралась на Кубань и Терек.

Московское правительство, вполне оценив пользу казачества как живой стены, защищавшей его владения от татарских набегов, с начала XVII в., после смутного времени совершенно открыто и весьма охотно поддерживало их, посылая им жалование и сплавляя по Дону для них ежегодно массу хлеба, различные припасы и порох. Правительственная колонизация была теперь уже у Белгородской укрепленной черты, и передерживать казаков в качестве степных аванпостов было весьма своевременно и удобно. На ряд настоятельных требований со стороны турецкого султана и крымского хана – «унять казаков», свести казаков с Дона, Москва отговаривалась обыкновенно самовольством и непокорностью казаков, невозможностью унять их за дальностью расстояния (хотя это расстояние и быстро уменьшалось). В некоторых однако случаях, когда грабежи казаков слишком мешали договорным соглашениям Москвы с турецким султаном, правительство посылало к казакам запрещение грабить Азов и Крым, а в 1630 г. даже, произошел разрыв на два года между Москвой и Доном. Казаки убили московского посла Ивана Карамышева, вследствие чего царь прислал им опальную грамоту и патриаршее отлучение от церкви.

По мере подчинения казаков Москве сношения между обеими сторонами делались более постоянными и правильными. Казаки считались как бы на службе у Московского государства, обязывались оборонять границы и главное – наблюдать за передвижениями татар и своевременно извещать об этом. В посольский приказ, в ведение которого с 1623 г. были переданы казачьи дела, посылали легкие станицы из атамана, есаула и десяти рядовых казаков с «войсковыми отписями о разных пограничных вестях». С 1672 г. отправлялись только два казака, доезжавшие летом до Воронежа, а зимой до Валуек. Раз в году в Москву посылалась станица зимовая с войсковой челобитной, чтобы царь пожаловал «своих холопей царским великим жалованьем денежным и сукны и селитры и свинцом и запасом». Весною из московских владений спускали по Дону барки с просимыми припасами, которые делились поровну.