По мере усиления налогового гнета и ухудшения положения крестьян, а также после разорения русской земли во время смут междуцарствия прилив на Дон беглецов из пределов Московского государства чрезвычайно усилился, отчасти пополняясь и выходцами из Малороссии. Наконец в 1667 г. сюда бежали раскольники, основавшие свои скиты по верховьям Дона, Хопру, Медведице, Бузулуку и Донцу.

О необыкновенном росте казачьего населения в течение XVII в. можно судить по тому, что в середине этого столетия по Донцу, Хопру, Медведице и Жеребцу насчитывалось около 30 городков, а к концу столетия – до 125, причем они составляли 11 станиц. Все казачье население распадалось на две группы – верховых и низовых казаков, границею обитания которых служил Цымлянский городок.

С ростом казачьего населения принимала законченные формы донская казачья община, в силу этнографических особенностей великорусов значительно отличавшаяся от Запорожской Сечи малорусов. Управление и суд были сосредоточены в войсковом круге, в состав которого входило все казачье взрослое мужское население, находившееся в данный момент в главном казачьем городке – «Главном войске». Для разрешения же особенно важных дел ожидали обыкновенно прибытия казаков и из других мест. С умножением населения и отдельные городки получили свои станичные круги, где решались местные дела. Главными городками войска донского в течение XVI в. были Раздоры (станица Раздорская), а с 1622 г. – Монастырский городок (в 6 верстах ниже Черкасска на Дону); с 1636 по 1643 г. управление сосредотачивалось в Азове, который казаки отняли на время у турок; а с 1643 по 1645 г. – на Махином острове (на левом берегу Дона в 5 верстах от Ольгинской станицы) и наконец, с 1645 г. – в Черкасском городке или Черкасске (ныне станица Старо-Черкасская).

Исполнительными органами были атаман и войсковой есаул, избираемые ежегодно; делопроизводством заведовал войсковой дьяк. В походах избирали особого походного атамана. Войско делилось на сотни и полусотни и находилось под начальством полковников, хорунжих, сотников и пятидесятников. Духовенство у казаков сначала было выборное, но с 1689 г., после раскольничьего восстания было заменено назначаемым, подчиненным воронежскому епископу.

Главным своим занятием казаки считали походы. Низовые казаки на своих легких ладьях обыкновенно спускались но Дону, нападали на турецкую крепость в его устье Азов, затем опустошали Крым и турецкие города по берегам Черного моря. Верховые казаки предпочитали совершать свои разъезды по Волге, нередко разбивали торговые караваны, не разбирая своих и чужих, затем по Каспийскому морю добирались до берегов Персии, которые и грабили. По возвращении из походов казаки «дуванили» весь «дуван» (т. е. делили добычу) поровну.

В мирное время главным занятием казаков были рыбная ловля и охота; хлебопашества сначала не было; когда же оно стало развиваться преимущественно среди верхового казачества, оно было строго запрещено. Так, грамота войскового круга, посланная к хоперским и усть-медведицким городкам, запрещала пахать землю и сеять хлеб, за что «бить до смерти и грабить». Это было вызвано вероятно теми соображениями, что верховые казаки, как более защищенные от нападений кочевников, занявшись земледелием, легко расказачатся, подпадут окончательно под московскую власть и уменьшат таким образом численность казачьего войска. В низовьях Дона не было надобности в таком запрещении, так как здесь казачье население само традиционно гнушалось земледелием и землю сдавало для обработки беглым крепостным, которых сманивали особые промышленники и которые поступали таким образом в батраки к казакам. Зато здесь довольно значительные успехи делала торговля рыбой, турецкими и татарскими товарами, как скупленными, так и наичаще награбленными. Насколько казаки дорожили торговыми рынками, видно из челобитной к царю Михаилу Федоровичу на право свободной и беспошлинной торговли во всех украинских городах.