Дзержинскому и большевикам пришлось столкнуться с сильными противниками как внутри страны, так и за ее пределами. Отпущенные «под честное слово» и обещавшие не воевать с народной властью офицеры и генералы возглавили Белое движение. Старые дореволюционные чиновники отказывались работать. Политические противники и временные союзники считали, что именно они лучше справятся с управлением страной. «Сидеть» Дзержинский умел. Теперь ему предстояло научиться «сажать».

Получилось не сразу. 6 июля 1918 г. был подавлен мятеж левых эсеров, в ходе которого Дзержинского арестовали. Он считал себя виноватым в том, что подобное оказалось возможным и власть большевиков «повисла на волоске», и 8 июля подал в отставку, которую Ленин не принял. Вскоре Дзержинский снова приступил к работе в качестве председателя, но в ВЧК остались только коммунисты. Левых эсеров из ВЧК изгнали.

Под руководством Ф. Э. Дзержинского был разоблачен англичанин, дипломат и разведчик Локкарт, который готовил государственный переворот и так и не понял, кто же его «сдал». Чекисты спланировали и осуществили операцию «Трест». Им удалось выманить из-за границы и арестовать английского шпиона и организатора диверсионной работы, рьяного врага советской власти неуязвимого Сиднея Рейли, получившего пулю в затылок. Попался в сети ОГПУ и другой принципиальный борец с советской властью – Борис Викторович Савинков. На судебном процессе он, правда, раскаялся и готов был начать работать на народную власть, но почему-то упал с большой высоты в лестничный пролет в тюрьме.

Перед подчиненными «железного Феликса» трепетали многочисленные враги новой власти. «Мы представляем собой организованный террор. Это должно быть сказано совершенно ясно», – говорил руководитель организации, получивший «право расстрела» уже в феврале 1918 г. декретом В. И. Ленина – «Социалистическое отечество в опасности!» Одним из наиболее любимых выражений Ленина и его товарищей было следующее: «Революции не делаются в белых перчатках». Большевики исходили из того, что пролетарская революция должна уметь себя защитить, и считали, что к клевете, репрессиям, преследованиям, террору против революционеров прежняя власть прибегала всегда. Революционная мораль новых правителей страны, выдвинутые ими принцип революционной целесообразности и принцип «лес рубят – щепки летят» оправдывали повальные аресты, со здание концентрационных лагерей, расстрелы ни в чем не повинных заложников, применение пыток и т. п.

Органы государственной безопасности, начиная с опричного двора Ивана IV Грозного, обслуживали преимущественно первое лицо государства. Можно допустить, что монархическая политическая система России, в которой любой правитель вслед за Людовиком XIV мог сказать: «Государство – это я!», предполагала, что органы государственной безопасности, оберегая правителя («государство»), защищают при этом какие-то общенациональные, общегосударственные интересы. Начиная со времени Дзержинского органы госбезопасности обслуживали интересы только одной политической партии, а после смерти Дзержинского – интересы только одного лица в этой партии – Сталина.

Дзержинский был одним из наиболее авторитетных руководителей партии большевиков, что подтверждалось его статусом члена Политбюро ЦК партии. В разное время «железный Феликс» занимал также посты наркома внутренних дел РСФСР (1919—1923), наркома путей сообщения (1921—1926), председателя Высшего совета народного хозяйства (1924—1926), председателя Комиссии по улучшению жизни детей при ВЦИК (1921—1926) (ликвидировал беспризорность) и др. В качестве наркома путей сообщения Дзержинский за три года превратил почти остановившийся железнодорожный транспорт в динамично развивающуюся, прибыльную (на хозяйственном расчете!) отрасль.