Самыми древними, как уже сказано, являются доэллинские катакомбы Матердеи (III тысячелетие до н. э.). Среди греческих некрополей самый старый (VII в. до н. э.) открыт в Пиццофальконе. Достойны упоминания также греческие катакомбы в квартале Санита (IV–III вв. до н. э.) и некрополь на виа Санта-Тереза дельи Скальци (IV в. до н. э.). Среди христианских подземных кладбищ наибольший интерес представляют: катакомбы Сан-Дженнаро и делла Вита (те и другие – II в.), катакомбы Сант-Эусебио (конец III в.), катакомбы Сан-Пьетро ад Арам (IV в.), катакомбы Сан-Северо (конец IV в.) и катакомбы Сан-Гаудизио (V в.).

После эдикта императора Константина о равноправии христианства с другими религиями, исповедуемыми на территории империи, в Неаполе начинается строительство монументальных базилик, наподобие Сан-Джованни Маджоре или Сан-Грегорио Армено. К сожалению, расцвет культового строительства закончился к 410 г., когда начались многочисленные вторжения варваров. К счастью, от одного из самых разрушительных нашествий (вторжения вандалов) Неаполь уберегли мощные оборонительные сооружения. В 476 г. в Неаполь, в Кастель-делль’Ово, на месте которого в то время находилась укрепленная римская вилла, был заключен последний император Западной Римской империи Ромул Август.

В начале VI в. Неаполь был захвачен готами, но в 536 г. византийский полководец Велизарий после длительной осады взял город. Шесть лет спустя готам удалось отвоевать город, но всего на один год. В 543 г. византийцы снова утвердили свою власть над Неаполем, и на добрых шесть столетий город стал центром византийской провинции Кампании. Провинцией управлял дукс (dux), он же – магистер милитум (magister militum). С приходом византийцев улучшилась защита города. Обновленные еще в V в. городские стены были доведены до порта (556). В 571 г. лангобарды захватили северо-восточную часть провинции, где образовали герцогство Беневенто. Несколько лет спустя император Тиберий II (578–582) разделил провинцию на две части: Урбикария, ставшая вскоре герцогством Римским, и Кампания, которая в VII в. также стала герцогством (дукато). Управлялась провинция (а впоследствии – герцогство) по византийским законам: по кодексу Юстиниана.

Неаполь в позднем Средневековье (со старинной гравюры)

В Неаполе наряду со светской властью, которой достались преимущественно военные функции, всё большее значение получают клерикалы. В так называемый «епископский период» (578–670) главной фигурой городского управления становится епископ, осуществлявший контроль не только над религиозными, но и над всеми гражданскими сторонами жизни. Епископы Неаполя были настолько авторитетны, что не раз решались спорить с римскими понтификами, опираясь на вооруженные силы герцогства. Одновременно продолжались войны с лангобардами, которые по меньшей мере пару раз в конце VI в. осаждали Неаполь – правда, безуспешно. Епископский период характеризуется строительством многочисленных монастырей, преимущественно мужских православных, и церквей различных конфессий. Монастыри располагались в основном на вершинах холмов и на островах, хотя отдельные обители находили себе место и в городских стенах, как например, греческий православный монастырь Св. Себастьяна. Монастыри стали основными распространителями культуры на языке, произошедшем от классической латыни. Монахи занимались главным образом переводами греческих авторов и составлением житий святых. Преимущественно религиозный характер носило изобразительное искусство; иконография находилась под византийским влиянием. К сожалению, художественные памятники тех веков почти полностью уничтожены временем.