Имперский порядок восстановился после утверждения на престоле четырнадцатилетнего Фридриха II (1208) Гогенштауфена, которого поддерживал папа Иннокентий III. Уже в следующем году юный монарх подавил мятежи на Сицилии, в Калабрии и Неаполе, однако подлинное умиротворение государства наступило только в 1231 г. после обнародования Мельфийской конституции. С возрастом изменилось отношение Фридриха к папству, что вызвало резкую реакцию Рима, а много лет спустя – отлучение от церкви. Фридрих вообще-то был всесторонне образованным правителем, хотя предпочитал литературу и юриспруденцию. При дворе сицилийского короля постоянно пребывало целое созвездие блестящих поэтов, музыкантов, актеров, ученых. При Фридрихе начал складываться музыкальный жанр, впоследствии получивший название неаполитанской песни. В 1224 г. Фридрих основал в Неаполе государственный университет, второй на Апеннинском полуострове. Первоочередную задачу университета он сформулировал как формирование административно-бюрократического аппарата и подготовку юристов, способных оказать помощь монарху в составлении указов и исполнении законов. Основу учебного курса составляли изучение права и риторики, что быстро сделало Неаполь центром итальянской юридической науки. Фридрих значительно расширил замок Кастель Капуано и создал при компалаццо курию в составе пяти судей и восьми нотариусов. Король проводил очень строгую фискальную политику, в частности, его чиновники тщательно следили за введением торговых пошлин. Были уничтожены автономия социальной группы нотариусов и коммунальная автономия. Множество непопулярных решений вызвало недовольство неаполитанцев и вылилось в открытое восстание при известии о смерти монарха (1250). В 1251 г. неаполитанцы (при поддержке папы Иннокентия IV) провозглашают Свободную коммуну. Два года спустя войска Конрада IV, наследника Фридриха II, осадили город. После четырехмесячного сопротивления неаполитанцы вынуждены были сдаться, так как в городе начались голод и эпидемия чумы. Королевская месть свелась к разрушению части городских стен, переводу университета в Салерно и установлению обременительных торговых пошлин. Правда, Конрад вскоре умер, и Неаполь радостно встретил понтифика, приехавшего в город и скончавшегося там в том же году, что и король (1254). Конклав по избранию нового папы состоялся также в Неаполе 12 сентября 1254 г. Понтификат на конклаве получил Александр IV, сразу же переехавший в Рим, к которому приближались войска Манфреда, брата умершего Конрада. Неаполь был занят имперскими войсками, а когда в сражении при Беневенто (1266) Манфред был разбит, город открыл ворота новому королю Карлу Анжуйскому, младшему брату французского короля Людовика IX.

Карл I, которого современники описывают как мудрого и здравомыслящего монарха, уважаемого многими европейскими венценосцами, триумфально вступил в Неаполь 7 марта 1266 г. Сицилийское королевство даровал ему папа Климент IV. Престиж нового короля заметно возрос после победы его войск в битве при Тальякоццо (1268) над отрядами Коррадина Швабского, последнего наследника Фридриха II по мужской линии. Шестнадцатилетний принц был предан суду и казнен 26 октября 1268 г. на Кампо Моричино (современная пьяцца дель Меркато). Эта казнь стала лишь первой в серии расправ анжуйцев со сторонниками Фридриха и Манфреда. В 1284 г., вскоре после народного восстания, известного как Сицилийская вечерня, анжуйцы потеряли островную часть королевства. С тех пор обе части оставались формально разделенными вплоть до 1816 г., то есть до образования Королевства Обеих Сицилий, и это при том, что обеими королевствами чаще всего правил один монарх. В просторечии одно государство называлось Сицилия до маяка (имея в виду Мессинский маяк на северо-востоке Сицилии) – это было Неаполитанское королевство, которым правила Анжуйская династия. Другое государство называли Сицилией за маяком – там правили арагонцы.