Согласно летописи, Василий II 13 февраля служил обедню в монастыре, как вдруг в церковь вбежал рязанец Бунко и объявил, что Шемяка и Можайский идут на Василия ратью. Василий не поверил, потому что Бунко незадолго до этого перешел от него к Шемяке. «Эти люди только смущают нас, – сказал великий князь, – может ли быть, чтобы братья пошли на меня, когда я с ними в крестном целовании?» После чего повелел выгнать Бунко из монастыря. Тем не менее Василий все-таки послал разведку к Радонежу (на гору), но дружинники Ивана Можайского заметили ее, не выдав себя.

Тогда Можайский велел собрать много саней и положить в них по два человека в доспехах, прикрыть их рогожами, а третьему велел идти сзади, как будто за возом. Таким образом дружина въехала на гору, ратники повыскакивали из возов и перехватали сторожей Василия, которые по глубокому снегу не смогли убежать. После этого войско Можайского двинулось к монастырю.

Василий II увидел неприятелей, когда те скакали с Радонежской горы к селу Клементьевскому, и бросился на конюшенный двор. Но там не оказалось ни одной запряженной лошади. Тогда Василий побежал в монастырь, к Троицкой церкви, пономарь впустил его и запер дверь. В этот момент в монастырь въехала неприятельская дружина во главе с боярином Шемяки Никитой Константиновичем, который взлетел на коне даже на церковную лестницу.

Следом въехал в монастырь и сам князь Иван Можайский и стал спрашивать, где великий князь. Василий, услышав его голос, закричал из церкви: «Братья! Помилуйте меня! Позвольте мне остаться здесь, смотреть на образ Божий, пречистой богородицы, всех святых. Я не выйду из этого монастыря, постригусь здесь».

Василий много раз нарушал клятвы и договоры, и ему, естественно, никто не поверил. Его схватили и привезли в Москву. Ночью ему прочитали приговор: «Зачем навел татар на Русскую землю и города с волостями отдал им в кормление? Татар и речь их любишь сверх меры, а христиан томишь без милости; золото, серебро и всякое имение отдаешь татарам, наконец, зачем ослепил князя Василия Юрьевича?», а затем ослепили. После казни Василий II получил прозвище Темный. С помощью рязанского епископа Ионы Шемяка захватил и детей Василия II. Ослепленный великий князь с сыновьями был сослан в заточение в Углич.

Однако победу Шемяки можно без преувеличения назвать пирровой. Значительная часть московских бояр отказалась служить галицкому князю.

Победа Шемяки над Василием II вызвала явное неудовольствие у ордынских покровителей московского князя. И 17 апреля 1446 г., «на Велик день», казанские татары, простояв три дня под Устюгом, пошли на штурм. Они «приступили к городу, несучи на головах насад». Насады (лодьи) должны были защищать татар от града камней, стрел и копий, которые сыпались на них с крепостных стен. Однако захватить Устюг татарам не удалось, и они отошли, получив с него «откуп, комейщину, за 11 000 денег и всякою рухлядью» (мехами). В Устюг меха поступали с Севера, а отсюда уже шли на рынки Новгорода, по Волге и в центр. На этот раз татары остались без полона.

Затем татары, миновав Галич, «приходили… на Кичменгу» и вверх по Югу через волок направились на Ветлугу, приток Волги. До Казани они плыли на плотах, «да в полоех тонули». Из отборного отряда «царева двора» численностью в 700 человек в Казань вернулось 40 человек.

Значительная часть сторонников Василия II бежала в Литву. Первым туда бежал боярин Федор Басенок с дружиной, затем – князь Василий Ярославич Серпуховской, которому Казимир IV дал «в вотчину» города Брянск, Гомель, Стародуб и Мстиславль. Брянск Василий Ярославич уступил князю С.И. Оболенскому и Федору Басенку.