Тем временем Бонапарт потребовал пропустить корабли в порт и снабдить их пресной водой. Получив отказ, он высадился с отрядом в три тысячи человек между городом Ла-Валеттой и бухтой Святого Павла. Утром 11 июня 1798 года начался штурм городской крепости. Ее защитники поначалу упорно отстреливались и даже сделали отчаянную вылазку. Но большая часть рыцарей все же не захотела сражаться с французским войском. Поскольку силы противников были неравными, мальтийцы вынуждены были пойти на переговоры. Вот что пишет об этом автор книги «Тайны египетской экспедиции Наполеона» А. Ю. Иванов: «Ранним утром следующего дня представители великого магистра явились на борт «Ориона» с полномочиями, необходимыми для заключения соглашения о капитуляции. Во главе их был командор Буаредон де Рансюэ, освобожденный из тюрьмы (после чего, по словам Наполеона, народ носил его на руках, как триумфатора)».

После сдачи на милость победителю над Ла-Валеттой взвился французский флаг и остров был объявлен владением Французской Республики. Бонапарт подытожил это событие громкой фразой: «Я смел взять, и я взял». Он тут же упразднил Мальтийский орден, выслал с острова его членов и изъял принадлежавшие ему сокровища. По словам А. Иванова, «Бонапарт поступил с островом так, как он позднее будет обходиться со многими державами, городами и островами». За считаные дни он ввел на Мальте гражданский кодекс, отменил рабство, освободил всех турецких невольников, ликвидировал все феодальные права и привилегии, сформировал муниципалитеты, назначил судей, учредил начальные и средние школы. Не забыл генерал и о защите острова: комендантом его он назначает генерала Вобуа, в подчинение которому дается французский гарнизон из четырех тысяч солдат. В свободное от решения административных проблем время члены экспедиции наслаждались дарами Мальты. Сам Бонапарт гулял в «прекрасно содержанных и украшенных великолепными апельсиновыми деревьями» садах великого магистра ордена, с удовольствием лакомясь их фруктами. Ровно через неделю, 16 июня, он снял флотилию с якоря и отправился к берегам Египта.

Между тем узнавший о захвате французами Мальты адмирал Нельсон немедленно бросился за ними в погоню. Но, как это ни парадоксально, именно эта поспешность и быстроходность британских кораблей помешали ему потопить флотилию Бонапарта еще на подходе к Египту. Вот как пишет об этом А. Манфред: «Адмирал так кипел желанием настигнуть и разгромить противника, что его эскадра, подняв паруса, промчалась по морю с такой быстротой, что опередила французов; ночью английские корабли пронеслись мимо медленно плывшей французской флотилии, проходившей севернее Крита. Эскадра Нельсона примчалась в Александрию, но там ни о Бонапарте, ни о французах вообще никто ничего не слыхал. Английский адмирал решил, что французский флот направился к Александретту или Константинополю, и устремился туда». Эта цепь случайностей и ошибок спасла тогда наполеоновскую экспедицию, но британский флот мог вернуться в любое мгновение. И понимая это, Наполеон был уверен, что ему надо поспешить с захватом Александрии.

К знаменитому городу, основанному Александром Великим, французская флотилия из 293 кораблей и судов приблизилась вечером 30 июня. И хотя Брюэйс предлагал подождать до утра, Наполеон отдал приказ высаживаться немедленно. Свое решение он мотивировал так: «Адмирал, нам нельзя терять времени. Фортуна дает мне только три дня; если я ими не воспользуюсь, то мы погибнем».